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2016年7月1日，一个低压区在关岛南方海域生成。11时，美国海军研究实验室给予其热带扰动编号99W。
7月2日1时，联合台风警报中心对该系统在24小时内形成为热带气旋的机会评级为“MEDIUM”（中），8时，日本气象厅与台湾中央气象局同步将该系统升格为热带低压；14时，联合台风警报中心对其发布热带气旋形成警报；20时，日本气象厅对其发布烈风警报。
7月3日1时，联合台风警报中心对该系统在24小时内形成为热带气旋的机会评级为“HIGH”（高），09时，日本气象厅将该系统正式升格为热带风暴，给予国际编号1601，并命名为尼伯特。同时联合台风警报中心将该系统升格为热带低压，给予编号02W；8时，香港天文台亦都在同日的天气图，开始将尼伯特标示为热带低压；10时，中国国家气象中心和大韩民国气象厅将其升格为热带风暴，台湾中央气象局亦将其升格为轻度台风；20时，香港天文台将其升格为热带风暴。
7月4日20时，日本气象厅与香港天文台同步将其升格为强热带风暴。
7月5日8时，台湾中央气象局将其升格为中度台风，同日08时20分，中国国家气象中心将其升格为台风，8时50分，日本气象厅将其升格为台风；9时45分，香港天文台将其升格为台风；17时25分，中国国家气象中心将其升格为强台风；20时20分，中国国家气象中心将其升格为超强台风；21时45分，香港天文台风尼伯特 路径图台将其升格为强台风。
7月6日0时，日本气象厅将其升格为超强台风，2时，台湾中央气象局与联合台风警报中心分别将其强烈台风和超级台风；3时45分，香港天文台将其升格为超强台风；
7月6日夜，国家防总副总指挥、水利部部长陈雷主持召开异地视频会商会，认真贯彻落实中央领导同志重要指示精神，分析研判今年第1号超强台风“尼伯特”发展态势及可能带来的不利影响，安排部署防台风工作，并宣布国家防总启动防台风Ⅱ级应急响应，派出6个工作组赶赴福建、浙江、江苏、江西、安徽、上海等省市协助开展防台风工作 。
7月8日，国家海洋预报台发布了2016年首个海浪红色警报，预计8日夜间到9日白天，台湾海峡将出现6到9米的狂浪到狂涛区，福建沿岸海域将出现4到6米的巨浪到狂浪；8日5时50分，2016年第1号台风“尼伯特”在台湾台东太麻里乡沿海登陆；8日14时40分前后，台风由台湾省台南县移入台湾海峡，17时其中心位于福建省莆田市南偏东方大约215公里的海面上，中心附近最大风力有14级（45米/秒，强台风级），10级风圈半径80～100公里，12级风圈半径50公里 ；7月8日，尼伯特袭击台东后，翻山越岭经过台南市，有网友拍到下午近1点疑为台风眼通过白河关子岭上空的照片，引起热议 。第1号台风“尼伯特”（强热带风暴级）的中心于9日13时45分在福建泉州石狮市登陆，登陆时中心附近最大风力有10级（25米/秒），中心最低气压为990百帕。

台湾7月8日，尼伯特台风清晨5时50分从台湾台东太麻里登陆，测得每秒钟57.2公尺的17级阵风，破了该站测得最强阵风纪录，刷新了民国44年测到的每秒51.8公尺阵风纪录。
“尼伯特”台风强力来袭，根据台当局灾害应变中心截至8日上午10时统计，2人死亡，66人受伤，死者为7日在花莲七星潭落水的男子及东引有一名军人落海。
全台46乡镇、262村里及938条河川溪流列为黄色警戒，目前全台撤离疏散15413人，收容3635人，停电户数达390096户，台电表示，已修复131392户，尚有258704户待修复。
自来水公司表示，全台有2700户停水，已抢修2300户，有400户抢修中。电信方面，市话没有问题，移动电话基地台受损502处，已抢修27处，尚有475处待修。
交通部分，台7、台7甲线等13条省道，共19处预警性封闭，高铁、台铁对号列车今天全面停驶，海运也全面停驶，岛内航线取消254班次，国际航线延误174班次、取消302班次。
台东、绿岛滞留游客41人、兰屿滞留游客1079人，小琉球滞留游客89人，澎湖滞留游客4639人，马祖滞留游客约450人，岛上民生物资无虞。
“尼伯特”登陆台湾，台东、绿岛、兰屿多处停电，铁皮屋、路树、招牌全被吹得四散。
受台风影响，台湾南部和东部降雨100-200毫米，台东和花莲等部分地区雨量有250-400毫米，花莲县富里乡局地554毫米；台湾东部和南部出现9～13级大风，台东兰屿局地阵风达15～17级，最大阵风71.3米/秒。受台风影响，截至8日晚，台湾有2人死亡，72人受伤。
福建：7月11日10时，国家减灾委、民政部针对今年第1号台风“尼伯特”给福建省受灾群众基本生活造成的严重影响，紧急启动国家Ⅳ级救灾应急响应，派出工作组赶赴灾区，查看灾情，协助和指导做好受灾群众基本生活救助工作。
2016年第1号台风“尼伯特”于7月9日13时45分在福建泉州市石狮市登陆，10日凌晨3时在福建省宁化县境内减弱为热带低压，10日14时中央气象台停止编号。受其残留云系和外围环流影响，福建省大部地区出现暴雨，局部地区出现特大暴雨，20个县（市、区）降雨量达到100－250毫米，闽清县最大降雨量突破350毫米。
据统计，截至7月11日9时，灾害已造成福建省福州、厦门、莆田等9市54个县（市、区）45.2万人受灾，9人死亡，18人失踪，21.3万人紧急转移安置，900余间房屋倒塌，1.1万间不同程度损坏，农作物受灾面积16千公顷，其中绝收1.6千公顷，直接经济损失9亿元。福建省减灾委、民政厅紧急启动Ⅲ级救灾应急响应，下拨救灾应急资金1000万元，向灾区调拨2000床毛巾被、500张折叠床、1700件夏季常服、10台发电机、1000台应急灯等救灾物资。目前，灾区各项救灾工作正有序开展。
江西：据江西省民政厅报告：吉安市泰和县、万安县8100余人受灾，500余人紧急转移安置，近100人需紧急生活救助；农作物受灾面积200余公顷；直接经济损失100余万元。