求助三方和档案问题

我签了三方，做了两个月，不想去了，导员说如果要改派档案的话，就需要公司给出解约书，但是公司解约要交违约金的
我的问题就是想问一下，如果我不交违约金，毕业后学校把档案派发到三方上填的第三方管理机构，我到时候再去自己办理档案迁移手续会麻烦吗？