面对外星人的第二次攻击，我们地球再次险胜。
《独立日3：反击》
地球方面：和1996年一样，我们虽然取得了胜利，但是付出了比之前更加惨烈的代价。敌人再次留下了大量的科技。不过这次因为是正规部队，所以装备方面的科技基本代表了外星人军队的现役装备。常规装备已和外星人旗鼓相当。ESD很快意识到，外星人亡我之心不死，便会不断的攻打我们，地球将永远生活在被灭亡的恐惧当中。必须利用外星科技寻找其他人类适合居住的星球。很快人类掌握了吸收并且强化了外星的科技装备，还建造了大量人类方舟,待下次外星人攻击之时可以转移人员。一味的防守永远不可能取得绝对的胜利，毕竟地球太脆弱，甚至太阳都很有可能成为攻击的对象。ESD在太阳系部署大量的军队，银河系部署大量前哨站。另外一边竭尽全力研究虫洞跨越航行技术、了解外星人星球所在地，以更好的防御甚至反击，但是苦于迟迟没有进展。
外星人方面：终于意识到人类的智慧，获取科技的能力，和绝对的时间优势（他们几个星期，我们就是20年），只有尽快派出更强大的跨量级军队，外星球最高新的科技才有可能打败我们，几个星期的时间内也是不可能研制出新的装备来装备军队的。等上数年的话，地球可就是数百年了，那时的人类很有可能会反击它们。在花费了数周的时间终于集结了星球最强大的军队，带着各种毁天灭地的装备出发了。