由于发菜产地通常相当贫穷,有农民以采挖发菜卖钱谋生。但由于多年来过量采挖发菜,其野生资源已被严重破坏,并导致大片草场退化和土地荒漠化。发菜的分布范围也随着土地的开发而大量减少。
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分子及细胞生物学家指出,每采集2两重的发菜,便会破坏相当于16个足球场面积的草原,使这片草原至少10年寸草不生。且由于发菜主要分布在中国北方草原地带,采集发菜也成为中国沙尘暴的主要原因之一。
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目前,发菜的开采已经对生态造成了严重破坏,中华人民共和国国务院在2000年发布了《国务院关于禁止采集和销售发菜制止滥挖甘草和麻黄草有关问题的通知》,将《中国国家重点保护野生植物名录》中发菜的保护级别从二级调整为一级,并要求严禁发菜的采集、收购、加工、销售和出口。