培训内容
一 分子鉴定的应用
二 DNA测序技术-遗传检测的利器
1、第一代测序技术：Sanger测序原理
2、第二代测序技术：Illumina，454, Ion Torrent原理
3、第三代测序技术：PacBio, Hellicos原理
4、第四代测序技术:Oxford NanoPore原理
5、Hybridization based methods
6、测序技术的比较及展望
三 Sequence-independent分子标记的开发及应用
1、Restriction fragment length polymorphism （RFLP）
2、Random amplified polymorphic DNA （RAPD）
3、Simple sequence repeats （SSR）
4、Single strand conformation polymorphism （SSCP）
5、Cleaved amplified polymorphic sequence （CAPS）
6、Sequence characterized amplified region （SCAR）
7、Amplified fragment length polymorphism （AFLP）
8、Inter-retrotransposon amplified Polymorphism （IRAP）
9、REtransposon-microsatellite amplified polymorphism （REMAP）
四 equence-dependent分子标记开发及应用
1、常用的DNA条形码标记：ITS，ITS1，ITS2，trnH-psbA，rbcL-matK，COI等
2、常用DNA条形码鉴定方法：sequence similarity-based （Blast， Hidden Markov Model），tree-based，cutoff-based
3、筛选最优DNA条形码指标
⑴PCR amplification success
⑵Sequencing efficiency
⑶Species distinguishing power
⑷DNA barcoding gap
DNA barcoding相关数据库
⑴BOLD: Barcode of Life Database
⑵BOMMD: Barcode of Medicinal Materials Database
五 基于全基因组序列的新的分子标记的发现
1、（真菌、动物）线粒体基因组
⑴测序方案: 实验方法纯化还是生信方法纯化
⑵组装方法：de novo vs. reference based
⑶注释流程: MFAnnotator vs. FUMGA
⑷特异性标记筛选流程
2、（植物）叶绿体基因组
⑴测序方案：实验方法纯化还是生信方法纯化
⑵组装方法：de novo vs. reference based
⑶注释流程：CPGAVAS vs. DOGMA
⑷特异性标记筛选流程
六 主办单位：中国科学院计算技术研究所北京海淀中科计算技术转移中心
联系人 ：朱老师 13810614372
邮 箱：zkyjsjs@163.com
官方网址： http://ec.ict-ttc.com
时间地点：武汉大学 2016年5月6号-5月8号
一 分子鉴定的应用
二 DNA测序技术-遗传检测的利器
1、第一代测序技术：Sanger测序原理
2、第二代测序技术：Illumina，454, Ion Torrent原理
3、第三代测序技术：PacBio, Hellicos原理
4、第四代测序技术:Oxford NanoPore原理
5、Hybridization based methods
6、测序技术的比较及展望
三 Sequence-independent分子标记的开发及应用
1、Restriction fragment length polymorphism （RFLP）
2、Random amplified polymorphic DNA （RAPD）
3、Simple sequence repeats （SSR）
4、Single strand conformation polymorphism （SSCP）
5、Cleaved amplified polymorphic sequence （CAPS）
6、Sequence characterized amplified region （SCAR）
7、Amplified fragment length polymorphism （AFLP）
8、Inter-retrotransposon amplified Polymorphism （IRAP）
9、REtransposon-microsatellite amplified polymorphism （REMAP）
四 equence-dependent分子标记开发及应用
1、常用的DNA条形码标记：ITS，ITS1，ITS2，trnH-psbA，rbcL-matK，COI等
2、常用DNA条形码鉴定方法：sequence similarity-based （Blast， Hidden Markov Model），tree-based，cutoff-based
3、筛选最优DNA条形码指标
⑴PCR amplification success
⑵Sequencing efficiency
⑶Species distinguishing power
⑷DNA barcoding gap
DNA barcoding相关数据库
⑴BOLD: Barcode of Life Database
⑵BOMMD: Barcode of Medicinal Materials Database
五 基于全基因组序列的新的分子标记的发现
1、（真菌、动物）线粒体基因组
⑴测序方案: 实验方法纯化还是生信方法纯化
⑵组装方法：de novo vs. reference based
⑶注释流程: MFAnnotator vs. FUMGA
⑷特异性标记筛选流程
2、（植物）叶绿体基因组
⑴测序方案：实验方法纯化还是生信方法纯化
⑵组装方法：de novo vs. reference based
⑶注释流程：CPGAVAS vs. DOGMA
⑷特异性标记筛选流程
六 主办单位：中国科学院计算技术研究所北京海淀中科计算技术转移中心
联系人 ：朱老师 13810614372
邮 箱：zkyjsjs@163.com
官方网址： http://ec.ict-ttc.com
时间地点：武汉大学 2016年5月6号-5月8号
