本史将松本零士的几部相关作品串接在一起并消除其中的异议和矛盾重新整理而成，其中可能仍有不足之处请雅正。
第一章，安卓美达
整个故事要从上古外星人安卓美达星人开始说起。安卓美达本是太阳系当中的一颗行星，该行星上居住着拥有高度文明的安卓美达星人。安卓美达与地球拥有几乎相同的自然条件，唯一不同的地方就是这个星球每1000年中只有200年是接近太阳的，也就是说在其余的800年中，星球的气温是零下80度，生物根本无法生存。于是在安卓美达星人1000年的寿命中，有800年是在特质的棺椁中沉睡的，当行星接近太阳时，地表温度上升，安卓美达星人（以下简称安星人）才会自动苏醒并开始正常的活动。然而一次又一次的苏醒复活复活苏醒让安星人不得不寻找更适宜居住的地方，于是他们找到了地球。地球一年四季都能晒到阳光，即使最寒冷的时候也比安星要温暖，然而地球上有一种智能生物也就是人类已经居住在这个星球上了。
为了控制人类的发展，安星人想到了一个办法，就是派遣卧底作为人类的女王在暗中统治人类。这个女王是轮班制，每1000年新的女王会来接替前一任女王的工作继续统治，所以人类的历史中将之称为千年女王或者1000年女王。从中国的上古传说到埃及的神秘图腾，1000年女王的记载无处不在。但是由于女王往往以不同身份隐藏在人类社会中以普通少女的形象出现，即使她就坐在你身边你也认不出她来，所以她的身份一直是神秘的传说中的存在。
当第一任女王降临人间时，人类的历史就被大大推动了，然而也正是跟人类的频繁互动，女王发现人类其实是有爱有希望的智能物种，安星人其实可以跟人类和平相处。然而这就跟安星人原本的初衷相违背了，特别是圣女王的命令。圣女王又叫指导者，是安星世界中的一个精神存在，就好像神一样，安星人一般只能看见她的影子，但其实她是一个头上和脚下各有一个光环身高仅相当于一个10岁儿童的女性。 圣女王认为人类残暴，忘恩，自私，没有诚信，是不可以和平相处的物种，所以要坚决消灭掉。而且秘密将人类世界的1999年9月9日9分09秒也就是安星距离地球最近的时刻作为消灭地球人的终极时刻，那时安星人将通过引力桥把自己星球的人一次性全部迁徙到地球并且消灭地球人。
自从第一个女王认为人类还有希望开始，后面的女王陆陆续续接受了这个叛逆的观点，并且背着安星人秘密的在日本的一个被盖住的天然陨石坑里面修造人类的避难所和大型逃生船。以便人类在安星人入侵的时候可以存活下来。