Klaith，药物安全部门是制药企业的急诊室
讨论药物通用名（generic name）的命名，就必须提到世界卫生组织维护的一个项目：国际非专利药名系统（International Nonproprietary Names, INN）。
该项目 1950 年发起，1953 年开始致力为每一种药物成分提供全球（至少成员国）唯一的名称，便于统一识别、公共使用。
这套系统的核心是「词根（stem）」，可以是前缀（譬如cef-，cefradine，头孢拉定），可以是后缀（譬如-vastatin，atorvastatin，阿托伐他汀），也可以放在药名当中（譬如cort，hydrocortisone，氢化可的松）。
引入词根的目的，是希望命名一组药理学性质相关的药物时，能够恰当地反映出它们之间的联系。因此命名新类型的第一个药物时，也事先考虑了此后相关药物命名的诉求。
我们来看一下题主提到的几种药物：
amikacin (-kacin)；
ciprofloxacin (-oxacin)；
penicillin (-cillin)；
oritavancin, dalbavancin (-vancin)；
daptomycin, streptomycin, vancomycin (-mycin)；
主要涉及 5 个词根，各自代表的含义如下：
-kacin, antibiotics, kanamycin and bekanamycin derivatives (obtained fromStreptomyces kanamyceticus)
抗生素，卡那霉素、卡那霉素 B 衍生物（产自卡那链球菌）
-oxacin, antibacterials, nalidixic and derivatives
抗细菌药物，萘啶酸及衍生物
-cillin, antibiotics, 6-aminopenicillanic acid derivatives
抗生素，6- 氨基青霉烷酸衍生物
-vancin, vancomycin related compounds
万古霉素相关化合物
-mycin, antibiotics, produced byStreptomycesstrains
抗生素，产自链球菌属
所有词根都属于抗生素类药物，而且谁与谁是一家子，一目了然。而这些词根的来历，确实如Shuang Song所言，一部分源于拉丁语：比如-cillin来自-cillinum，-mycin来自-mycinum。（别问我拉丁语的意思，我不懂……）
也许你会问，题主想知道中文译名的来历，说那么多英文名似乎答非所问。其实，道理很简单——因为汉语译名，同样有类似的专门机构遵照特定原则翻译。
这个机构便是国家药典委员会。目前，我国化学药品和生物制品的命名，已经基本采用国际通行的 INN 名称及命名原则，并制定了《中国药品通用名称命名原则》，提出「中文通用名尽量与英文名相对应，可采取音译、意译或音、意合译，一般以音译为主」、「音译要注意顺口、易读，用字通俗文雅，字音间不得混淆，重音要译出」等要求。
同时为了确保 INN 词根能够体现在译名之中，也尽可能保证词根翻译（无论音译、意译）的一致性。所以，我们才能够看到这些译名：
阿米卡星，阿贝卡星（arbekacin），布替卡星（butikacin）
环丙沙星，左氧氟沙星（levofloxacin），莫西沙星（moxifloxacin）
奥利万星，达巴万星
达托霉素，链霉素，万古霉素
至于「青霉素」，之所以不像阿莫西林（amoxicillin）、氨苄西林（ampicillin）那样命名，大概是根据《命名原则》中的「化学结构已确定的天然药物提取物，其外文名系根据其属种来源命名者，中文名可结合其属种名称命名」规定，选用了这个译名。
总而言之，化学药品、生物制品的中文通用名，由我国的国家药典委员会组织专家，按照《中国药品通用名称命名原则》统一译自国际非专利药名。而国际非专利药名采用的「词根」系统，就是不同中文药物名存在一定规律的原因。