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DNAMAN使用说明

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DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：
第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：
第三栏为浏览器栏：
在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel
（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2． 以不同形式显示序列
通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下：Sequence &Composition 显示序列和成分
Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列
Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列
Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列
Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列
RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列

1楼2008-07-18 00:24回复
    3．DNA 序列的限制性酶切位点分析
    将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis 命令打开对
    话框，如下所示：
    参数说明如下：
    Results 分析结果显示
    2楼2008-07-18 00:26
    回复
      2025-05-30 13:55:59
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      其中包括：
      Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）
      Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）
      Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）
      Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）
      Target DNA （目标DNA 特性）
      circular（环型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）
      3楼2008-07-18 00:27
      回复
        参数说明如下：
        Enzyme
        代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz 和dnamane.enz，
        如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。其中restrict.enz 数据文件包含180 种
        限制酶，dnamane.enz 数据文件包含2524 种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的
        显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列
        出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18 multiple cloning sites），
        然后点击按钮出现下列对话框：
        输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切
        位点。
        Cutter 酶切识别序列长度；End 酶切产生的末端，其中包括，Blunt（平头末端），5’Overhang
        （5’突出粘性末端）,3’Overhang(3’突出粘性末端)，系统根据cutter 和end 的设定情况,在左边酶列表
        中显示符合条件的酶。最后，点击按钮执行操作。
        4楼2008-07-18 00:29
        回复
          4．DNA 序列比对分析（Dot Matrix Comparision）
          要比较两个序列，可以使用DNAMAN 提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision
          （点矩阵比较）通过Sequense/Dot matrix comparision 命令打开比对界面，如下图：
          点击对比界面左上角的按钮，出现下列对话框：
          参数说明如下：
          Sequence type 序列类型
          Sequence 1 参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：如果要比对的序列在Channel 中，点
          击下拉箭头，选择相应的Channel，则被选中的Channel 中的序列作为参加比对的第一序列；也可以
          从文件夹中选择参加比对的序列，在File 选择框上点击即可。通过Length 选择参加比对的序列片段。
          Sequence 2 参加比对的第二序列选择框；选项说明同上
          Show Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性；（此功能未见）
          Annotations 是否显示注释
          Comparision 比对参数，其中Window 代表Window size（单位比对长度），Mismatch 代表Mismatch size
          （单位比对长度中许可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。Both stran 代表Both strand（双链
          比对）选择此项，是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和Sequence 1 比较。Sequence 2 正
          链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
          Plot box 点阵图表显示参数，Position（起点坐标）Width（宽度值）Height（高度值）Frame size（边
          框线粗度值）Dot size（点粗度值）Gridline（虚线框数）。
          参数设定好后，点击按钮执行操作。
          5楼2008-07-18 00:29
          回复
            楼主，请问DNAMAN下面的channel窗口被关了怎么找出来啊
            IP属地:江苏来自Android客户端7楼2016-10-28 14:30
            回复

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