前者是 歷史上的今天。 比如今天二月十九 today on history就是之前每年的二月十九 後者，我也查到某些小文章用了in 应该是误用

in 是普通用法 。
on 指记录在历史上。具体要看语境

感觉on应该是指专业的 啊啊啊不知道

It is no point to debate for some trifles.

查了一下，好像只有一个网站起名叫 todayonhistory，其余都是 today in history。而查 on history，基本都是用作“关于历史”，或之前的不及物动词固定与 on 搭配的情形（如前面动词为 depend、be based、mark 等）。