人体微生态系统包括口腔、皮肤、泌尿、胃肠道四个微生态系统。以肠道微生态系统最为主要、最为复杂。人肠道中的微生物占人体总微生物量的 78 %。肠道菌约 400 ～ 500 种，分为原籍菌群和外籍菌群，原籍菌群多为肠道正常菌群，除细菌外，人体还存在正常病毒群、正常真菌群、正常螺旋体群等，各有其生理作用。肠道菌群最显著的特征之一是它的稳定性，它对人类抵抗肠道病原菌引起的感染性疾病是极其重要的。维持其稳定性是临床治疗的重点。
主要有一下作用：
1、对宿主的保护作用肠道菌群具有保护宿主正常的组织学和解剖学结构作用。
2、对宿主的营养作用宿主所需的维生素、氨基酸、脂质和碳水化合物都可以从正常的肠道微生物群获得。包括 B 族维生素、维生素 K 、泛酸、叶酸等。
3、参与机体物质代谢主要体现在内源蛋白质等的代谢需要微生物菌群直接参与，肠道细菌产生β一葡萄糖醛酸酶、硫化酶等，间接或直接为宿主利用。
4、促进营养物质消化吸收正常肠道菌群，有促进肠道蠕动功能，能促进机体对营养物质的消化吸收。
5、菌群屏障作用菌群屏障作用又叫定殖力，是机体免受外来细菌感染的一个可靠保证，分为预防性屏障作用和治疗性屏障作用。前者指屏障菌群首先定殖，使屏障作用的对象无法在肠道定殖，对抵御外来感染起一种预防和保护作用。后者指：虽然屏障作用的目标菌株在肠道中的定殖先于屏障菌群，但后来的屏障细菌可以将其从肠道中驱除，类似于化学药物的治疗作用。
6、防癌抑癌作用研究发现厌氧棒状杆菌，不但不会致病，还可激活人体内免疫细胞，提高吞噬能力，具有抑癌作用。