东南卫视于1994年正式开播；1997年，推出《银河之星大擂台》、《开心100》等风靡全国和东南亚万人空巷的高收视率节目；1998年，东南卫视成为首家在台湾落地的省级卫视；2003年，东南卫视首推大陆第一档报道海峡两岸时事、民生、文化的新闻资讯类节目《海峡新干线》。极具影响力的综艺节目和极具权威的台湾资讯，让东南卫视全国观众收视满意度排名。连续数年居全国省级卫视前4位。
2005年，东南卫视推出台海时事周末谈话类栏目《海峡论坛》，对《海峡新干线》进行品牌拓展和延伸。《海峡新干线》已确立了大陆地方媒体涉台报道标杆性电视栏目地位，形成了“想了解台湾，看东南卫视”收视口碑。
2004年2月8日，福建省广播影视集团正式挂牌成立，东南电视台（东南卫视）与福建电视台等单位合并。新的台标以“福建”首写字母F为设计元素。“F”的设计以太空的形象组合而成，再加上流星的轨迹。同时流星也象征电视台象流星一样快速传播信息和美好愿望。星形的出现寓意集团不断开拓进取的新时代精神，也体现行业的特点。
东南卫视台标以蓝色和白色为基本色调。蓝色代表了台湾海峡，中间白色是福建的首字母“F”。这个“F”又形似一只白色的海鸥自由飞翔在台湾海峡上，寓意海峡两岸同属一个国家。海鸥的一对翅膀正象一座桥梁联系着大陆与台湾，同时也预示福建是祖国大陆与宝岛台湾交往的窗口。

2007年，东南卫视再度起航，丰富“欢乐海峡”内涵，实施精品化改版，借助明星效应推出以传达慈善公益理念的《海峡传情》、展示闽籍企业家风采的《闽商闯四海》等节目，构建起传达海峡两岸爱心的桥梁，充当着海峡两岸交流的摆渡者。

2008年，东南卫视推出《海峡新干线》午间延伸通栏《海峡午报》，实现台海新闻栏目在全天播出时段的合理分布。《开心100》联手台湾《综艺大哥大》推出《开心100之大魔竞》，掀起“全民大魔竞”收视热潮。年底，东南卫视记者赴台驻点，成为继央视后大陆第二家获准赴台驻点采访的电视媒体。

2010年，东南卫视继续深化品牌内涵，倾全台之力打造年度巨制《星光大会》（第一季），节目获得广泛好评，也大大提高的东南卫视的品牌影响力和知名度。
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2011年，东南卫视全新改版，推出晚间21:10综艺纵贯线，东南卫视节目开心100《明天就出发》、《朋友就该这样》、《欢乐合唱团》等王牌节目组成了一周七天的节目带；并且深化海峡栏目带，《海峡新干线》、《海峡午报》、《海峡深呼吸》全面出击；全年斥巨资购首播争独播。2011东南卫视全速挺进卫视第一梯队阵营行列之中！

2012年东南卫视全新改版升级推出了《健康智慧》、《首映礼》、《海峡夜航》、《海鸥大搜罗》《挑战万人迷》《我们是新青年》《厨类拔萃》几档新节目。
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2013年东南卫视全面贯彻“大海洋时代”这一主题，全屏幕提速，进军卫视第一梯队阵营。截至2013年已经打造了《好好学习吧》、《同桌计划》、《全民大猜想》、《爱拼才会赢》、《约会万人迷》等众多精品栏目。
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2014年东南卫视全新改版推出了《真爱在囧途》、《宝贝大赢家》、《海峡夜航影像志》、《幸福压力锅》、《全民大猜想第二季》等众多精品栏目。
2015年东南卫视推出了《茶道真兄弟》、《为母校而战》、《扬帆走海丝》、《生命通道》等精品栏目。