顺治十二年（1655）六月，闽浙总督屯泰请于沿海省份立严禁，“无许片帆入海”，违者立置重典。于是清政府下令禁止官民人等擅自出海贸易，如有“将违禁货物出洋贩往番国，并潜通海贼（指郑成功）”，“或造大船，图利卖与番国，或将大船赁与出洋之人，分取番人货物者，皆交刑部治罪”。但仍有人暗通线索，贪图厚利，继续与郑氏贸易往来。
顺治帝认为此乃立法不严所致，于十三年，下达“禁海令”，严禁商民船只私自出海，违者不论官民，俱行正法，货物入官，本犯家产尽给告发之人。文武各官失查或不追缉，从重治罪；保甲不行首告，论死。沿海可泊船舟处，处处严防，不许片帆入口，如有登岸者，防守官即以军法从事，督抚议罪。顺治十八年，清廷进一步下达“迁海令”，以保证“禁海令”的施行。强迫海岛和沿海居民内迁三十至五十里，设界不得逾越。又在法律上规定：凡将牛马、军需、铁货、铜钱、缎匹、绸绢、丝棉出境贸易及下海者，杖一百；若将人口军器出境及下海者绞；因而走泄事情者斩。官吏庇纵者同罪。“禁海令”和“迁海令”使沿海居民流离失所，谋生无路，并严重地影响了沿海地区经济的发展，以致沿海三十至五十里内，满目荒凉。

康熙二十二年(1683年)，清军攻取台湾，实现了全国统一。在此形势下，康熙帝于次年谕令各省，认为海氛廓清，先前所定海禁处分条例可尽行停止，海禁遂开。
然而，康熙虽然认为“船只出海，有裨民生”(《康熙起居注》第一册，第588页。中华书局版)，开海可使“穷民易于资生”(《康熙起居注》第一册，第592页)，但这一政策并未维持下去，他出于政治考虑，仍长期以“海禁不可轻开”为念(《清圣祖实录》卷77，康熙十七年九月丙寅)，并且一直担心南方汉人与海外相通，所以后又一再“诏如顺治十八年例，迁界守边”(《郑芝龙传》，《清史列传》卷80)，概不批准任何请求放宽海禁的奏请，对海船出洋严加限制，其律令且逐年严密，不许民间建造双桅以上海船，擅造二桅以上大船和运载违禁货物出洋贸易者皆处斩枭示，全家发边卫充军。后虽允许打造双桅船，但却有着种种限制，民间使用的渔船商船，严格限制在五百石以下。

海禁重开后，深受海禁之苦的沿海人民纷纷出国谋生，每年造船出海贸易者多至千余，回来者不过十之五六，不少人居留南洋。清政府因担心汉人出洋日多会危及统治，并认为南洋各国历来是“海贼之渊薮”，“数千人聚集海上，不可不加意防范”(《清圣祖实录》卷270，第16页)。
于是，在康熙五十六年(1717年)，清廷再颁南洋禁海令，规定内地商船不准到南洋吕宋(今菲律宾)和噶喇吧(今印度尼西亚雅加达)等处贸易，南洋华侨必须回国，澳门夷船不得载华人出洋。同时加强海路限令，严令沿海炮台拦截前往船只，水师各营巡查，禁止民人私出外境。禁航令颁布后，东南沿海民生凋敝。福建士绅蓝鼎元道：“闽粤人稠地狭，田园不足耕，望洋谋生十居五六。……南洋未禁之先，闽广家给人足。游手无赖，亦为欲富所驱，尽入番岛，鲜有在家饥寒，窃劫为非之患。既禁之后，百货不通，民生日蹙。……沿海居民，富者贫，穷者困。”(蓝鼎元：《鹿州全集》，厦门大学出版社1995年)
直到雍正初年，福建、广东等省才又陆续开禁，但清廷同时下谕称，贸易外洋者多系不安本分之人，嗣后外出应定期限，若逾期不回者，是甘心流移外方，无可悯惜，之后不许再回内地。

与禁海政策相一致，清朝亦长期限制海外贸易，并对外国人严加防范。尤其在乾隆年间，由于担心“民俗易嚣，洋商杂处，必致滋事”，惧怕外国人支持汉人反抗清朝的活动，因而清廷一再严申“华夷之别”，乾隆二十二年(1757年)还正式发布谕令，仅限广州一口通商，所有外国船只仅在广州停泊、交易，这种状况一直持续到鸦片战争之前。
禁海令是清政府自给自足小农经济的社会基础和封建专制日益加强的反映，它通过一种自我封闭和摧残，最终导致闭关锁国。统治者从以农为本的思路出发，对工商业充满了恐惧，亦很少考虑沿海居民出海贸易的需求。清朝正值世界贸易迅猛发展时期，而禁海令则严重隔阻了中外之间的商品、文化交流以及国内工商业的正常发展，严重破坏了沿海经济，也造成了民众长期生活在一种闭目塞听、孤陋寡闻的状态之中，为近代中国贫穷落后埋下了悲惨的祸根，其教训是极为深刻的。