此法主要是用抗体(大多为人类乳头瘤病毒免疫动物后产生的多克隆抗体)查人类乳头瘤病毒抗原和筛查人类乳头瘤病毒类型，所用的方法有PAP法、ABC法、PAAP法等，当前前两者较常用，经过组织切片、染色等一系列处理后，在空泡化细胞核内见到棕色颗粒状沉着为阳性，主要分布于表皮浅层及角化不全的角质层内，数目多少不一，多呈灶状分布，个别为散在分布。阳性对诊断有意义。阳性反应为只限于细胞核内棕色着色，如果胞浆显浅着色，为非特异染色。
在组织切片中人类乳头瘤病毒检出率高于细胞涂片，在不同性别和不同年龄的患者中人类乳头瘤病毒检出率无差异。目前用于检测人类乳头瘤病毒抗原的抗体主要由人类乳头瘤病毒１型免疫动物后所产的多克隆抗体，由于具有共同抗原，人类乳头瘤病毒间存在着广泛的交叉反应。
人类乳头瘤病毒核壳抗原检出率低的原因可能是：①该方法只能是确认仅在后期病毒颗粒产生时出现的衣壳蛋白，这种情况只是人类乳头瘤病毒生活周期的一个阶段。②本法检测的核壳抗原不是所有受人类乳头瘤病毒感染的细胞都能表达。③衣壳抗原的表达与上皮细胞的分化程度相关。有人对上皮增生不良及癌样病变进行检测，发现该衣壳抗原的表达与上皮细胞的分化程度成反比，这一发现与衣壳抗原只出现在分化的角质形成细胞核内，通常是发育充分的空泡化细胞核内的现象一致，只有在组织学检查中存在发育完全的空泡化细胞增多时才产生阳性反应。表明该抗原的表达受上皮细胞分化状态的影响。④取材局限，有人对尖锐湿疣皮损多处取材检查，发现其阳性率随之增高。如取材达4处以上，其阳性率可达100％。⑤标本经甲醛固定和制片过程的处理，抗原或多或少受破坏。