细胞实验失败， 很大程度上源于“细胞自身的内力”太强 ， “对比拟南芥斑马鱼基因组”选择性屏蔽某些基因细胞
敏感状态 和 细胞 稳定状态 及 外界条件 细胞自身健康状态 储备能力 的 协同应用；--------------------
内因更重要 ： 通过 对比拟南芥斑马鱼基因组 可以发现 细胞 的 差异 基因组；
， 拟南芥斑马鱼基因组都是 维持 细胞正常活动 的 天然 最简易状态 ， 所有附加的基因组 ，多起到 加强 已有功能 ， 获得 可以没有 的 功能 ， 反馈与 维稳 比如 基因复制过程中 ，多角度方法 ： 剪切 错码基因 ； 都给转基因 造成巨大 困难 ， RNAi 并不是最好的方法 …… …… ……
目前 ， 我们 至少可以 使用 “ 长程 一次性 透支 ” 方案 ， 对细胞 储备能力 进行 消耗 ， 使得 转基因 极大程度 避免 酶解 ；
顺应细胞的 “周期时相”性 ， 应该拓展一下 ， …… …… ……
外因 ： 理化因素 一起用 ；
典型应用 ， 钙离子处理原核细胞获感受态细胞
伤口愈合； 创伤修复； 创伤愈合； 赖氨酸羟化酶； 成纤维细胞； 生长因子； 伤口感染； 巨噬细胞吞噬； 皮下脂肪组织； 炎症反应；
糖尿病病人伤口恢复慢及易感染的原因如下：第一，切口组织的愈合从肉芽组织的生长到胶原纤维的形成均需要蛋白质及其它组织因子，而糖尿病患者存在糖利用异常，不能有效使葡萄糖转化成蛋白质及其它物质；第二，组织高血糖导致组织细胞高渗，不利于细胞生存；第三，高血糖可导致免疫减退，削弱切口的免疫能力 ，易致感染发生；1.末端循环的血管受损，导致血供障碍，伤口不愈合或延迟愈合；2.神经受损，所支配区域运动减弱，活动减少，血供和自愈能力减弱。
------------------------------------------------------------------------------------------------------------
这是 实验成功 的 初级条件 ， 如果运用于 人体细胞 治疗 ， 还需要 从 敏感状态 恢复 到 稳定状态 ，
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
中科院近代物理研究所空间辐射生物研究室科研人员利用microRNA增加细胞辐射敏感性研究取得新进展，首次报道了miR-185通过靶向调控关键的DNA损伤传感因子ATR增强电离辐射诱导的细胞凋亡及增殖抑制等效应。
microRNA(miRNA)是一类内源性非编码小RNA分子，能够在转录后水平通过与靶基因mRNA的3’非编码区（3’-UTR）相结合而调控靶基因的表达。miRNA参与多种生命进程，如细胞生长与分化、凋亡、发育、癌症发生等。现已证实，miRNA在细胞辐射应激响应过程中发挥重要作用，能够参与调节H2AX、ATM等DNA损伤感受因子。
科研人员研究发现，电离辐射能够引起肾癌细胞miR-185表达下调，而过表达miR-185能够增加细胞的辐射敏感性（图1）。生物信息学分析表明，DNA损伤应答因子ATR是miR-185潜在的靶基因，荧光素酶报告载体实验和突变实验证明了miR-185能够通过与ATR mRNA的3’-UTR区结合直接靶向调节ATR，过表达miR-185能够在mRNA和蛋白水平抑制ATR。实验表明，miR-185通过抑制ATR信号通路增强了辐射诱导的细胞凋亡（图2）及增殖抑制（图3）。
此项研究揭示了miRNA参与细胞辐射敏感性的新机制，对利用miRNA调控肿瘤辐射敏感性的研究具有重要意义。
研究成果在Cell Death & Disease发表。
文章链接
图1 过表达miR-185(Pre-miR-185)增加体内癌细胞（左）和体外培养癌细胞（右）的辐射敏感性
图2 miR-185增强紫外线（左）和碳离子（右）诱导的细胞凋亡
图3 miR-185增强辐射诱导的增殖抑制
拟南芥基因组研究情况
(2013-03-08 09:34:48)
转载▼
分类：基因组学
拟南芥（Arabidopsisthaliana） 是十字花科(Brassicaceae) 鼠耳芥属(Arabidopsis)的一种小小的开花植物。这种小小的有花植物，早在１６世纪就被JohannesThal首先报导。它被用于植物突变与传统遗传分析研究超过了五十年。拟南芥是在植物科学，包括遗传学和植物发育研究中的模式生物之一，其在植物学中所扮演的角色正仿佛小白鼠在医学和果蝇在遗传学中的一样。
拟南芥是二倍体，有2n=10条染色体。拟南芥能作为植物中第一个被完全测序的物种，主要是由于（1）基因组小（约120Mb），结构简单，重复序列少（2）遗传周期短，仅需六周就能完成一次传代（3）大量的种子。它的测序是由国际合作共同完成，称为Arabidopsis Genome Initiative（AGI）。
下表是拟南芥基因组研究的项目情况
感受态细胞（competent cell）：理化方法诱导细胞，使其处于最适摄取和容纳外来DNA的生理状态。
主要原理就是通过处理使细胞的通透性变大，直观的说，使得细胞膜表面出现一些孔洞，便于外源基因或载体进入感受态细胞。由于细胞膜的流动性，这种孔洞会被细胞自身所修复。
1. 将快速生长的大肠杆菌置于经低温（0℃）预处理的低渗氯化钙溶液中，便会造成细胞膨胀；
Ca离子会使细胞膜磷脂双分子层形成液晶结构，促使细胞外膜与内膜间隙中的部分核酸酶解离开来，离开所在区域，诱导细胞成为感受态细胞细胞膜通透性发生变化，极易与外源DNA相粘附并在细胞表面形成抗脱氧核糖核酸酶的羟基－磷酸钙复合物。
联合其它的二价金属离子（如Mn、Co）、DMSO或还原剂等物质处理，可使转化率提高100～1000倍。
2. 将该体系转移到42℃下做短暂的热刺激（90s），细胞膜的液晶结构会发生剧烈扰动，并随机出现许多间隙，外源DNA就可能被细胞吸收。进入细胞的外源DNA分子通过复制、表达，实现遗传信息的转移，使受体细胞出现新的遗传性状。
3.将转化后的细胞在选择性培养基上培养，筛选出带有外源DNA分子的阳性克隆。
---------
总之Ca离子使DNA沉淀于细胞表面（类似真核转染的磷酸钙共沉淀），0-42℃的热冲击使得膜表面出现裂痕（很快会被自动修复-疏水作用）使得膜表面DNA被摄入。
---------
大肠杆菌是格兰阴性，细胞壁就是肽聚糖+外膜（脂蛋白、脂质双层、脂多糖）
这种细胞壁结构除了作为内毒素使机体发热、白细胞增加之外（当然还可以为此细菌形态、耐药性、结合Mg2+维持离子平衡），与细胞膜出现裂痕吸收DNA并没有什么关系。
---------
说不定试验开始用L型缺陷菌了。
敏感状态 和 细胞 稳定状态 及 外界条件 细胞自身健康状态 储备能力 的 协同应用；--------------------
内因更重要 ： 通过 对比拟南芥斑马鱼基因组 可以发现 细胞 的 差异 基因组；
， 拟南芥斑马鱼基因组都是 维持 细胞正常活动 的 天然 最简易状态 ， 所有附加的基因组 ，多起到 加强 已有功能 ， 获得 可以没有 的 功能 ， 反馈与 维稳 比如 基因复制过程中 ，多角度方法 ： 剪切 错码基因 ； 都给转基因 造成巨大 困难 ， RNAi 并不是最好的方法 …… …… ……
目前 ， 我们 至少可以 使用 “ 长程 一次性 透支 ” 方案 ， 对细胞 储备能力 进行 消耗 ， 使得 转基因 极大程度 避免 酶解 ；
顺应细胞的 “周期时相”性 ， 应该拓展一下 ， …… …… ……
外因 ： 理化因素 一起用 ；
典型应用 ， 钙离子处理原核细胞获感受态细胞
伤口愈合； 创伤修复； 创伤愈合； 赖氨酸羟化酶； 成纤维细胞； 生长因子； 伤口感染； 巨噬细胞吞噬； 皮下脂肪组织； 炎症反应；
糖尿病病人伤口恢复慢及易感染的原因如下：第一，切口组织的愈合从肉芽组织的生长到胶原纤维的形成均需要蛋白质及其它组织因子，而糖尿病患者存在糖利用异常，不能有效使葡萄糖转化成蛋白质及其它物质；第二，组织高血糖导致组织细胞高渗，不利于细胞生存；第三，高血糖可导致免疫减退，削弱切口的免疫能力 ，易致感染发生；1.末端循环的血管受损，导致血供障碍，伤口不愈合或延迟愈合；2.神经受损，所支配区域运动减弱，活动减少，血供和自愈能力减弱。
------------------------------------------------------------------------------------------------------------
这是 实验成功 的 初级条件 ， 如果运用于 人体细胞 治疗 ， 还需要 从 敏感状态 恢复 到 稳定状态 ，
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
中科院近代物理研究所空间辐射生物研究室科研人员利用microRNA增加细胞辐射敏感性研究取得新进展，首次报道了miR-185通过靶向调控关键的DNA损伤传感因子ATR增强电离辐射诱导的细胞凋亡及增殖抑制等效应。
microRNA(miRNA)是一类内源性非编码小RNA分子，能够在转录后水平通过与靶基因mRNA的3’非编码区（3’-UTR）相结合而调控靶基因的表达。miRNA参与多种生命进程，如细胞生长与分化、凋亡、发育、癌症发生等。现已证实，miRNA在细胞辐射应激响应过程中发挥重要作用，能够参与调节H2AX、ATM等DNA损伤感受因子。
科研人员研究发现，电离辐射能够引起肾癌细胞miR-185表达下调，而过表达miR-185能够增加细胞的辐射敏感性（图1）。生物信息学分析表明，DNA损伤应答因子ATR是miR-185潜在的靶基因，荧光素酶报告载体实验和突变实验证明了miR-185能够通过与ATR mRNA的3’-UTR区结合直接靶向调节ATR，过表达miR-185能够在mRNA和蛋白水平抑制ATR。实验表明，miR-185通过抑制ATR信号通路增强了辐射诱导的细胞凋亡（图2）及增殖抑制（图3）。
此项研究揭示了miRNA参与细胞辐射敏感性的新机制，对利用miRNA调控肿瘤辐射敏感性的研究具有重要意义。
研究成果在Cell Death & Disease发表。
文章链接
图1 过表达miR-185(Pre-miR-185)增加体内癌细胞（左）和体外培养癌细胞（右）的辐射敏感性
图2 miR-185增强紫外线（左）和碳离子（右）诱导的细胞凋亡
图3 miR-185增强辐射诱导的增殖抑制
拟南芥基因组研究情况
(2013-03-08 09:34:48)转载▼分类：基因组学
拟南芥（Arabidopsisthaliana） 是十字花科(Brassicaceae) 鼠耳芥属(Arabidopsis)的一种小小的开花植物。这种小小的有花植物，早在１６世纪就被JohannesThal首先报导。它被用于植物突变与传统遗传分析研究超过了五十年。拟南芥是在植物科学，包括遗传学和植物发育研究中的模式生物之一，其在植物学中所扮演的角色正仿佛小白鼠在医学和果蝇在遗传学中的一样。
拟南芥是二倍体，有2n=10条染色体。拟南芥能作为植物中第一个被完全测序的物种，主要是由于（1）基因组小（约120Mb），结构简单，重复序列少（2）遗传周期短，仅需六周就能完成一次传代（3）大量的种子。它的测序是由国际合作共同完成，称为Arabidopsis Genome Initiative（AGI）。
下表是拟南芥基因组研究的项目情况
感受态细胞（competent cell）：理化方法诱导细胞，使其处于最适摄取和容纳外来DNA的生理状态。
主要原理就是通过处理使细胞的通透性变大，直观的说，使得细胞膜表面出现一些孔洞，便于外源基因或载体进入感受态细胞。由于细胞膜的流动性，这种孔洞会被细胞自身所修复。
1. 将快速生长的大肠杆菌置于经低温（0℃）预处理的低渗氯化钙溶液中，便会造成细胞膨胀；
Ca离子会使细胞膜磷脂双分子层形成液晶结构，促使细胞外膜与内膜间隙中的部分核酸酶解离开来，离开所在区域，诱导细胞成为感受态细胞细胞膜通透性发生变化，极易与外源DNA相粘附并在细胞表面形成抗脱氧核糖核酸酶的羟基－磷酸钙复合物。
联合其它的二价金属离子（如Mn、Co）、DMSO或还原剂等物质处理，可使转化率提高100～1000倍。
2. 将该体系转移到42℃下做短暂的热刺激（90s），细胞膜的液晶结构会发生剧烈扰动，并随机出现许多间隙，外源DNA就可能被细胞吸收。进入细胞的外源DNA分子通过复制、表达，实现遗传信息的转移，使受体细胞出现新的遗传性状。
3.将转化后的细胞在选择性培养基上培养，筛选出带有外源DNA分子的阳性克隆。
---------
总之Ca离子使DNA沉淀于细胞表面（类似真核转染的磷酸钙共沉淀），0-42℃的热冲击使得膜表面出现裂痕（很快会被自动修复-疏水作用）使得膜表面DNA被摄入。
---------
大肠杆菌是格兰阴性，细胞壁就是肽聚糖+外膜（脂蛋白、脂质双层、脂多糖）
这种细胞壁结构除了作为内毒素使机体发热、白细胞增加之外（当然还可以为此细菌形态、耐药性、结合Mg2+维持离子平衡），与细胞膜出现裂痕吸收DNA并没有什么关系。
---------
说不定试验开始用L型缺陷菌了。
