院徽由 “圆环”、“云南地图”、 “螃蟹”、“蛇杖”、“中英文名称”五个要素组成，构图简洁、个性突出、易于识别。
圆环代表通达，象征绿色通道、人文关怀；云南地图象征医院服务边疆、扎根红土高原；螃蟹代表癌症；世界卫生组织的单蛇缠杖标志寓意医学的权威性和严肃性；蛇杖似一把利剑紧刺螃蟹，表明医院攻克癌症难关、造福肿瘤患者的坚定信念。
院徽采用白、蓝、黄、黑色为标准色，象征纯洁、博爱、希望和庄严。寓意云南省肿瘤医院作为全省唯一的肿瘤疾病预防、诊断治疗、高层次肿瘤专业人才培养、肿瘤防治科学研究中心，植根云南边疆，面向国家战略需求，勇于攀登世界医学高峰，为我国经济建设和社会可持续发展做出的重大贡献。

院旗文化释义：
院旗整体背景为蓝色，象征博大、深邃、永恒、宁静、神圣和庄严；左上角缀有院徽，表明医院标识和名称。院旗寓意云南省肿瘤医院所从事的医疗卫生事业是神圣、永恒、不断向前发展的；表达了医院以一流的医术、一流的服务为人民的健康保驾护航的永恒决心和事业追求。