第一，郑成功进攻南京之役是正义的（事实上并非正义的战争都能取得胜利，也并非非正义的战争都会失败，否则怎么第一次世界大战英法也不是正义方，怎么就胜利呢？战争不是靠着唾沫星子而是靠着实力以及双方的内部凝聚力、将领指挥才能、武器等多方面因素；而战争结果的性质如何是最终的胜利方书写的），符合当时百姓的愿望。这从他和张煌言领军溯流而上，大江南北许多州县的绅民望风归附可以看得很清楚。战役前期取得的成果也相当惊人。一路攻陷瓜洲、镇江、仪真、六合、江浦，沿江等，势如破竹。从当时任满清江南总督郎廷佐奏疏中（虽不免有诬蔑和贬低之词，如将对方说成是盗寇）可以看出，到决战前夕清江南地区已势同瓦解，疏中所列失守城池绝大部分是郑军未到而主动反清归明的，反映了人心的向背。

第二，明清之际历史上光辉的一页，此次战役是清初反对满洲贵族推行暴虐的民族征服政策的最后一次大规模战役；它曾经使清廷统治者闻风丧胆，坐卧不宁，各地仁人志士为之兴高采烈、翘首以待；在我国军事史上很难找到类似的战例。

第三，如果郑成功能够采纳正确建议，进至瓜州一带时统率主力由陆路直趋南京，乘城中清军守备兵力单薄迅速攻城，清方“城大兵单”，突破一处，歼灭守敌的可能性是相当大的。只要攻下南京，在政治上和军事上就已占上风，然后分兵四出，仍在观望之中的清绿营兵（入关后投降明军改编而来）必然反正来归，顽固不化者聚而歼之。这样，有可能迅速占领江南财赋之区，让满清在经济上陷入困境。满清由北京南下的一万余名援军和先后从荆州东下的两批援军数量既有限，又不熟悉水战，难以扭转战局。清廷如果调回进征云、贵的主力对付郑军，不仅路途遥远，丧失战机，还将给李定国、白文选等以卷土重来的机会。郑成功、张煌言若能联络夔东十三家的兵力，更将使西南清军回救江南造成重大障碍。明、清对峙的局面将延续更长时间。

第四，郑成功在南京之役中失利，最大的原因是犯了轻敌错误，导致清军能够扬长避短。从整个战役来看，南京城内的清军直到7月15日梁化凤部入城之时，马匹很少，几乎没有什么骑兵机动优势可言；而郑成功军的水师占压倒优势，若能抓紧战机，乘清军骑兵未集之时猛攻南京，取胜的把握颇大。待到清军各路援军抵达，编组成一支颇有威慑力的机动骑兵时，郑军就穷于应付了。名将甘辉和其他部署在观音山诸将的覆败，都同缺少骑兵有密切关系。

第五，战略上的失误表现在重兵进抵南京城下之后，就该立刻攻城，即便一时不能破城，也应该分派部分军队接管南京周围州县，切断清方援军入城道路。

第六，失败最大、最根本的原因——郑成功的私心自用，将郑氏利益放在反清大业之上，也就是说郑成功的复明是以他自己为首的“明”。1653年、1654年李定国、孙可望军威大振时，郑成功如果真心拥戴永历朝廷，亲率主力会师夹攻，江南必下无疑。可是他始终按兵不动，直到清军占领贵州，永历朝廷已经很难招架的时候，他才大举进攻南京。在西南永历朝廷明军兵势尚盛时，因为不是以他为首，所以他决不肯出兵配合作战；他自以为最聪明的战略是西线明军败退已远，又还牵制着清军主力时大举出兵收取江南是最佳方案；然而有战术上屡屡出错。这也是南明之未能中兴的根本原因——许多实力集团的首脑视本集团的利害高于抗清大业，这种短视行为导致了满清能集中力量逐个歼灭对手。