明郑在台直接统治的中心地带图【今天的台南市区部分地区】
明郑后期实际统治区域图
明郑实际统治区域只有今日的台南市大部以及嘉义县与高雄市沿海地区，台湾绝大部分地区掌握在原住民手中，这是由于明郑汉人人口实在是太少导致的明郑灭亡时人口仍未达到20万，明郑一直对岛上大部分地区无法有效统治。
另外，1664年，荷兰人出兵占领鸡笼（今天的台北基隆），郑军随后也于1665年进驻淡水，与荷军对峙。由于补给困难，贸易也始终无进展，1667年东印度议会以损失荷兰盾八万元为由，裁决撤出鸡笼，翌年7月将所有公司职员接回巴达维亚，自此荷兰人彻底放弃夺回台湾。
