三清尊神的形象有一个历史过程。汉顺帝时(126—144年)，张道陵鹤鸣山(今四川大邑县境内)创立五斗米道，尊“太上老君”为最高神。后来寇谦之改革天师道，亦以“太上老君”为最早最高尊神，但已经出现了“道德天尊”的名称，以今所见，“三清”的名称最早始见于南梁陶弘景所撰的《真灵位业图》。该书排列神仙序位，分为七个层次，每一层设一个中位。上第一中位，上合虚皇道君，应号元始天尊。第二中位，上清高圣太上玉晨元皇大道君(为万道之主)。第三中位，太极金阀帝君，姓李，(壬辰下教太平主)。第四中位，太清太上老君(为太清道主，下临万民)。上皇太上无上大道君。其中较为明显地提出了上清太清的名称，但“三清”之名位次序尚未确定，并且第三位为“金阀帝君”，太上老君却居于第四中位。以后“三清”神名逐渐流变发展，至唐代才成为定说。《道藏·太平部·三洞珠囊》卷七引《老君圣迹》云：“此即玉清境，元始天尊位，在三十五天之上也。此即上清境，太上大道君(灵宝天尊)位，在三十四天之上也。太清境太极目，即太上老君位，在三十三之上也。”于是“三清”遂成为道教的最高神。

灵宝天尊原称上清高圣太上玉晨元皇大道君。齐梁高道陶弘景编定的《真灵位业图》列其在第二神阶之中位，仅次于第一神阶中位之元始天尊。唐代时曾称为太上大道君，宋代起才称为灵宝天尊或灵宝君。

 道经说他是在宇宙未形成之前，从混沌状态产生的元气所化生。原是“二晨之精气，九庆之紫烟”，后托胎三千七百年诞生，住在上清境的玄都玉京仙府，有金童、玉女各30万人侍卫，万神朝拜，超度之人不计其数。有三十六变七十二化，人们随时随地都可以见到他。 

 据《云笈七签》引《洞真大洞真经》，灵宝天尊系“玉晨之精气，九庆之紫烟，玉晖焕耀，金映流真，结化含秀，苞凝元神，寄胎母氏，育形为人”。《灵宝略记》则称“太上大道君以开皇元年托胎于西方绿那玉国，寄孕于洪氏之胞，凝神琼胎之府三千七百年，降诞于其国郁察山浮罗之岳丹玄之阿侧，名曰器度，字上开元。及其长，乃启悟道真，期心高道，坐于枯桑之下，精思百日而元始天尊下降，授灵宝大乘之法十部妙经”。

 上清高圣太上玉晨大道君，自元始天尊处受经法以后，即辅佐元始天尊，居三十六天之第二高位上清境，在三十四天之上，治蕊珠日阙，管七映紫房，金童玉女各三十万侍卫。万神入拜，五德把符，上真侍晨，天皇抱图。

 据《洞玄本行经》，灵宝天尊以灵宝之法，随世度人。自元始开光，至于赤明元年，经九千九百亿万劫，度人有如尘沙之众，不可胜量。凡遇有缘好学之人，请问疑难，灵宝天尊即不吝教诲。天尊有三十六变、七十二化，人欲见之，随感而应，千万处可分身即到。

 道教宫观里的三清殿中，灵宝天尊常以手捧如意之像居元始天尊之左侧位,手持太极图或玉如意。 。在道教大型斋醮礼仪中，也多设有三清神位，以灵宝天尊居元始天尊之左位。灵宝天尊之神诞日为夏至日，约在农历五月中。民间于夏至日之供奉常以灵宝天尊为主神。

道德天尊即太上老君，居“三清尊神”的第三位，是道教初期崇奉的至高神。原为春秋时思想家、道家学派创始人老子。东汉明帝、章帝之际（58～88），益州太守王阜作《老子圣母碑》云：“老子者，道也。乃生于无形之先，起于太初之前，行于太素之元，浮游六虚，出入幽冥，观混合之未别，窥浊清之未分。”将老子神化为先天地之神物，并与“道”相等同。顺帝时（126～144）张陵在巴蜀鹤鸣山创立五斗米道，即奉老子为教主。据传张陵在传教布道时作的《老子想尔注》称：“一者道也。……一在天地外，入在天地间，但往来人身中耳。……一散形为气，聚形为太上老君，常治昆仑，或言虚无，或言自然，或言无名，皆同一耳。”首次在道书中出现了太上老君的名号。至魏晋南北朝，太上老君之名益显。北周武帝建德三年五月“初断佛、道两教，经像悉毁，罢沙门、道士，并令还民”。据道书称，当时太上老君曾遣使显灵。时过一月，武帝即又下诏曰：“至道弘深，混成无际，体包空有，理极幽玄。……今可立通道观于都城……并宜弘阐，一以贯之。”说明当时已经开始利用太上老君干预朝政了。
 
 至唐，太上老君之威灵更盛。他不仅被奉为李唐王朝的始祖，帮助唐高祖李渊平定天下，据称当武则天篡夺李唐王朝后，又显灵降世，谓“武后不可革命”，“不得辄立异姓。……武后亦终惧此言，不敢立武三思”。因此，天宝年间，玄宗最后为他上“大圣祖高上金阙玄元天皇大帝”尊号。宋大中祥符六年（1013）八月加号为“太上老君混元上德皇帝”。

《道德经》第四十二章曰：“道生一，一生二，二生三，三生万物，万物负阴而抱阳，冲气以为和。”由无名大道化生混沌元气，由元气化生阴阳二气，阴阳之相和，生天下万物。第十四章又说：“视之不见名曰夷，听之不闻名曰希，搏之不得名曰微。此三者不可致诘，故混而为一，”认为一化为三，三合为一，“用则分三，本则常一”。后来道教以此衍化出居于三清胜境的三位尊神。因此“三清”尊神在道教神仙体系中位为最尊，《道教义枢》卷七引《太真科》说：“大罗生玄元始三气，化为三清天也：一曰清微天玉清境，始气所成；二日禹余天上清境，元气所成；三曰大赤天太清境，玄气所成。从此三气各生，”