1271年，忽必烈依《易经·乾卦》“大哉乾元，万物资始，乃统天”之意，改国号为“元”。西藏地方随之归属元朝中央政府管辖之下，元朝在中央设置总制院（1288年改为宣政院），在地方设立三路宣慰使司都元帅府管理今西藏自治区，吐蕃等路宣慰使司都元帅府管理藏东、滇西北、川西、青海南部等地，吐蕃等处宣慰使司都元帅府管理今青海、甘肃等省部分地区。元朝在西藏地方清查户口、设立驿站、派驻军队、征收赋税，实施了充分有效的统治。