大豆低聚糖多是由生产大豆蛋白的乳清液中提取的,乳清液中含有各种低分子蛋白、多糖类、肽、低聚糖类等物质,其中碳水化合物约为62%,粗蛋白约为21%,灰分5%,其它12%,而碳水化合物中含量较高的是大豆低聚糖。从乳清液中提取大豆低聚糖主要分为两种方法:超滤法，膜集成法。除此之外还有微生物发酵、微波法、酸沉淀法等方法。
大豆低聚糖是以工业生产大豆分离蛋白质是的副产物大豆乳清为原料，经提取、分离制的其工艺流程为：大豆乳清 除蛋白 离心除去残余蛋白 取上清液，进行超滤 脱色 脱盐 浓缩 产品。
目前,低聚糖(含大豆低聚糖)通过化学法转变或合成、发酵提取等工艺生产韩国的Suna Kim,Wansoo Kim & InK. Hwangd等研究的最佳提取工艺:液料比是5：1，提取温度是500℃，10%的乙醇溶液提取效果好于蒸馏水，纯化工艺用超滤在VCR为5时，超滤效果最好。