虽然玛卡属于十字花科独行菜属已经确定，但其具体种名有较大的争议。1843年，德国植物学家Gerhard Walpers首先对玛卡进行植物学鉴定，并命名为Lepidium meyenii Walp.，后来秘鲁生物学家Gloria Chacon通过对生长在秘鲁中部Puna生态区的玛卡进行胚轴组织显微观察，证明Puna生态区的玛卡与保存在德国和美国的Lepidium meyenii Walp.干燥标本有较大差别，因此将它命名为玛卡的一个新种Lepidium peruvianum Chacon.，而认为真正的Lepidium meyenii Walp.现在分布在Puna生态区以外的地方，如秘鲁东南部城市Puno[1，7]。虽然Gloria Chacon的关于玛卡新种的研究得到了普遍认可，但是对玛卡种的历史起源还不清楚，而且不同玛卡种的药效和总体植物外观是相同的[5,8]，因此人们习惯了统称为“Maca”（可音译为“玛卡”）、“Peruvian ginseng”（秘鲁人参）等。