黑水虻幼虫在自然界以餐厨垃圾、动物粪便、动植物尸体等腐烂的有机物为食，可以将食物高效地转化为自身营养物质，是自然界碎屑食物链中的重要一环。适宜的季节，在鸡粪堆、堆肥桶、动物尸体内很容易发现黑水虻幼虫。黑水虻幼虫在取食时常常成堆地上、聚集在一起，尤其当食物资源缺乏或者气温较低的情况下。黑水虻幼虫喜欢弱光的环境，平时将自己隐藏在食物中，夜间的时候才爬到食物表面取食。突然受到惊吓后，幼虫会有一到两秒的时间停止活动，类似假死，然后快速逃走。