首先，这里涉及到一个历史观的问题，时下大家可以理解的史观是唯物主义史观，即古劳动人民通过生产活动逐渐创建文明的历史，而《盗墓》所讲述的则是以唯心史观为前提的的中华文明史。

以下是《盗墓》所讲述的中华文明史。首先，中华文明的起源始自伏羲氏族。这个古老神秘的氏族源自长白山麓（云顶天宫处），后由伏羲率领走出长白山，而后一分为三，一是炎黄部族，即正统的中华文明，一是古西域部族，由传说中的西王母率领，横跨昆仑山，来到遥远的西域（蛇沼处），一是蚩尤部族，这是个好战的部族，在同炎黄部族争夺中原统治权的战争中失败而南迁至长江流域，最后被压缩到云南山麓。古伏羲氏族是非常长寿的，据传说，伏羲氏活了千余年，而继承并发展这一长寿法门的唯一部族是西王母部族。而西王母部族直到灭绝始终在寻求着人类永恒的一个宏愿----长生（《盗墓》中的重大秘密应该就是长生之术）。

而作为中华正统的炎黄文明却在千百年的发展中失去了长生（或者是长寿）之术的方法。直到西周穆王时期，周穆王西巡中偶遇西王母部族，得到了长生的法门（实际是一种不成功的方法），并用此法得到了“长生”。
失传千年的长生之法回到了中原，也唤起了华夏族（炎黄部族的后裔）对长生之术的热情。但由于此法本就是帝王之学，不大可能流入民间，民间的研习也很不得法。直到春秋时期，鲁殇王（虚构）按照一位叫铁面生神秘术士的方法，通过盗掘古墓得到了当年周穆王的长生之法，即在濒死时将自己装入特制玉棺椁中，即可得“永生”。而这个玉棺已经被周穆王用了。
权衡再三，鲁殇王决定盗掘周穆王古墓中的玉棺，为己所用。几经周折，穆王墓终于被鲁殇王发现，他按照铁面生的方法，在穆王墓的基础上建了属于自己的墓穴，然后自己假死趟入了穆王的玉棺中，而穆王被弃尸，沦为血尸（《盗墓》七星鲁王宫中可见）。而事实以后可以证明这根本不是长生之法，似乎只能成为永远躺在玉棺中的活死人，一旦离开则变为血尸。
而这时铁面生的神秘身份也逐渐显露。他是蚩尤部落的后裔，应该还是近支。他掌握了长生之法，而帮助鲁殇王的目的则是为了自己的长生，因为能力所限，只能借助鲁殇王的力量。等鲁殇王入殓后，他也开始了自己的长生之法，他把自己葬于长沙附近的墓穴，即《盗墓》中吴邪爷爷一代所盗掘的墓穴。看来铁面生的方法也是有问题的，他自己也变成了一具血尸。

事情回到伏羲氏族时期，伏羲率领部众下长白山时，在长白山留下了一些部众，即后来的东夏族。东夏族在长白山世代繁衍数千年，守卫着这个古老的文明源头，即长白山中的巨型铜门，而西王母部族为了帮助守卫源头也送来了鬼玺和阴兵。
由于世代守卫着这个古老文明，东夏族也掌握了古伏羲氏族的长寿之法，尤其是其首领万奴王活了一千一百年。这种长寿的法门应该是借助某种动物（可能是蚰蜒）的长寿秘诀，将其移植到自己体内，当人体寿命快到头儿时，蚰蜒会爬出人的躯壳，再爬入新的万奴王体内，同时也把上一代万奴王的意识也一同带入。

数千年元末明初时，东夏族发生了某个巨大变故，使这个部族濒临灭绝。同时，万奴王千余年的寿命也将随着体内蚰蜒的寿命结束而结束。于是，部族决定为最后一代万奴王修建一座亘古未有的不可盗掘之墓（云顶天宫），堵在巨型铜门口，使这个古老文明的源头永远藏在长白山中。而主持修建这座坟墓的人正是东夏人诳骗来的中原建造大师汪藏海。
东夏人本来想连同整个部族、汪藏海同时埋葬在这个坟墓里，可惜汪藏海巧妙地逃了出来。逃出生天的汪藏海在建造大墓的过程中接触到了很多关于古老文明长生之术的秘密，于是，他也做起了长生的美梦。根据自己的分析，在西沙海底为自己建了神秘的墓穴。

而已经居住在云南山中的古蚩尤部族的一个近支----张家（很可能是铁面生的后裔）通过机缘巧合得知其中华古起源之谜。由于古老的责任感，张家义不容辞的担负起守卫这一秘密的责任。而同时，他们也得到了一些长寿的法门和古老的力量。通过运用这种力量，张家在以后的数百年间长盛不衰，而且在云南古寨建立了属于自己家族墓穴，即张家水底古楼。
直到解放前，张家也开始衰落，但靠自家的力量已经无法守护长白山文明。张家族长张起灵（张家族长的称谓）决定联络九个盗墓世家（因为其职业特点，盗墓是接触古文明最多的行当）达成契约，共同轮流守卫这个秘密，作为交换，张家应该许以某种利益或者力量。
时值解放，政府对盗墓的打击力度空前严厉。张家（张家也是盗墓世家）联络老九门决定进行一次空前的盗墓活动（具体盗掘哪座坟墓则不得而知了）。在这次盗掘中，老九门集中了几乎所有的精英，只可惜盗掘以失败而告终，老九门精英损失殆尽，张起灵也不知所踪。
解放后，政府也得知了长生的传说，于是成立了个神秘组织，和老九门达成某种契约，召集了老九门的后人，成立了以寻求长生之谜为目的的考古队，即《盗墓》中提到的以陈文锦为领队的考古队。

后来，张起灵神秘现身考古队，但已经失忆（应该是张家的家族病）。张起灵的现身使老九门空前紧张，因为他的现身表示守卫秘密的契约依然有效，而守卫这个秘密的代价是很大的----被轮到守卫秘密的家族要派族长进入巨型铜门，而且一待就是十年，而铜门里有许多可怕的事情（故事中提到过）。老九门与神秘组织达成契约的一个原因就是为了通过政府背景的庇护，逃过这个可怕的契约，而张起灵的现身，说明神秘组织并无意庇护他们。
而后，张起灵又神秘失踪（果然是职业失踪人员）。而老九门人发现他们陷入了一个极其可怕的命运中：和神秘组织合作寻求秘密，由于当时政府意识形态的限制，他们只能偷偷的找，如果找不到，就要一直找下去，世世代代的找，直到找到，找到后，他们面临的只有被灭口的命运；执行与张家的契约，进入可怕的青铜门，是他们无法接受的，而毁约，张家强大神秘的力量又是他们挥之不去的梦魇。

最早发现他们境地的是老九门第二代中的一些人（吴三省、谢连环等），于是他们开始设计摆脱这个几乎无法自拔的命运。在西沙海底墓发掘中，谢连环假死，和吴三省一明一暗运作其中。后来，通过西域蛇沼的探险，神秘组织知晓了西王母的长生之法，于是决定用考古队员做试验品，试验长生之法。
考古队中老九门后人发现了这些后，便假死逃生，过起了生不如死的隐居生活。本来老九门人死死伤伤，神秘组织似乎已经放弃了对秘密的寻求，可是，几十年后突然有个神秘人把一张战国帛书送到了吴邪的铺子里----老九门可怕的命运还在继续。

于是，吴三省和新一代老九门人连同失忆的张起灵继续了和这个可怕命运的抗争。最后随着第二代老九门人的长眠，可怕的命运告一段落。而在一个个线索的搜寻中，张起灵也逐渐恢复了记忆，毅然的走进了青铜门，继续着张家延续几百年的责任…