据记载，孝陵的红墙周长22．5千米，相当于当时京城城墙长度的三分之二，可见规模之庞大。明孝陵的神道石刻是中国帝王陵中唯一不呈直线，而是环绕建有三国时代孙权墓的梅花山形成一个弯曲的形状，形似北斗七星。沿神道依次有下马坊、禁约碑、大金门、神功圣德碑碑亭、御桥、石像路、石望柱、武将、文臣、棂星门等建筑，过了棂星门折向东北就进入了陵园的主体部分。陵园主体建筑排列在南北中轴线上，规模宏大，雄伟壮观。
清代康熙等皇帝都曾到明孝陵拜谒明太祖，但是后来随着清朝国力下降，无力修复，明孝陵渐渐荒芜，尤其是在咸丰年间成为太平天国和清廷战争的主战场，几乎使明孝陵地表建筑毁于一旦，康熙手书的御碑甚至倒地破碎。到现在，陵内所有木质结构的殿堂早已焚毁，但从遗存的石质基础仍能看出当年的布局规模。它与北京十三陵的布局和建筑形式相同，但要比十三陵中的帝陵大得多，可见明代诸皇陵都是以此为蓝本的。
有传说朱元璋未必真的葬在这里面，而是怕有人在他死后报复他，像曹操那样设了七十二疑冢。不过这些传说并没有充分的根据，因为孝陵在朱元璋去世以前已经建成，到了朱元璋死的时候，陵墓的一切设施都已就绪。而且，朱元璋是洪武三十一年（1398年）闰五月死的，南京地区当时已经进入夏季，停灵七天以后，就立即葬入了孝陵。如果在别处另造新陵，在时间上也是来不及的。再者，孝陵的位置紧靠宫城，北倚钟山，南有皇墙，内有神宫监，外有孝陵卫的官兵日夜巡逻，其安全的程度远较别处为高。此地汇聚了南京的龙气，朱元璋既然选择了此地作为陵寝，他是不会遗命舍此而他葬的。
祖上选定的龙脉给了朱元璋发迹的机会，而他一生之中屡遇贵人，也为其创下基业带来所必须的际遇。登基之后，朱元璋定都南京，此地虽有虎踞龙盘之势，但选此为都的王朝都很短命。秦始皇曾由于此地有王者之气，下令掘断连冈，以压偏霸之气，故名秣陵。这样以后，在金陵建都的朝代的寿命果然都是短短几十年。朱元璋离世之后，南京果然成了短命的国都，但所幸的是大明王朝迁都北京，将龙脉南北打通，这一变通，也让明朝的福祉延长到了近三百年之久。