鸨羽舞衣（ときは・まい）は、弟の巧海（たくみ）といっしょに船上に揺られていた。この船旅の目的は「风华学园」への転校。両亲を亡くした舞衣たちが、奨学金を受けながら学生生活を送るために选択した学校である。

その船旅の途中、舞衣たちは、大きな剣を抱えて海上を漂流する少女・美袋命（みなぎ・みこと）を発见する。すでに呼吸がなかった命（みこと）であったが、舞衣の人工呼吸のおかげで、なんとか一命を取りとめた。しかし、命（みこと）を助けたことが、この船をトラブルへと巻き込む呼び水となってしまう。

しばらくして船に取りつく一只のクルーザー。そこからライダースーツ姿の少女が甲板に降り立つ。彼女の名前は玖我なつき（くが・なつき）。狙いは助けられたばかりの命（みこと）であった。

そこに居合わせた舞衣は命（みこと）の居场所を问われ、彼女のいる医务室へ强制的に案内させられる。そこで钵合った２人は舞衣を巻き込み戦闘に突入。かたや铳、かたや剣の激しい戦い。やがてなつきは、デュランという名のチャイルドを召还。戦いはますます激しさを増していく。船からは火の手があがりパニック状态。舞衣もなつきの不可思议な力にパニックになりながらも、命からがらその场から逃げ出すことに成功するが……途中、再び彼女たちの戦闘に巻き込まれてしまう。

眼前に立つデュランに大ピンチの舞衣。その瞬间、舞衣のまわりにとつぜん炎の壁ができ、デュランを弾き飞ばす。自分のまわりを覆い続ける炎にあっけにとられる舞衣。その姿になつきは、自分と同じ「HiME」の存在を感じ取り、目の前から姿を消してしまう。「风华学园には行くな……行けばお前は死ぬ」というひと言を残して……。

しかし戦いの结果、船は沈没。そして、舞衣と命（みこと）も海の底へと沈んでいくのである。……次の日、ザワザワとした声のなか、たくさんの生徒たちに囲まれ目覚める舞衣であった。 
※テレビ东京での放送日を记载しております。