2014年11月2日，国家水专项管理办公室在北京组织召开2014年水专项中期评估和年度检查启动会。环境保护部科技标准司刘志全巡视员兼副司长、住建部建筑节能与科技司郭理桥副司长、水专项管理办公室王明良专职副主任、各省市地方水专项办负责人、评估专家组、项目（课题）组等200余人参会。
　　为确保水专项第二阶段目标任务顺利完成，落实国务院重大专项中期评估有关要求，此次专项中期评估和年度检查对象为水专项 “十二五”135个在研课题。水专项管理办公室经过酝酿考虑并吸纳各方面意见最终确定由一个总体评估组，四个板块评估与流域相统筹的评估组织结构和形式。根据计划安排，在年底前评估组统筹考虑评估分数、评估尺度等情况，形成《水专项2014年中期评估暨年度检查报告》和《财务检查报告》，办公室将根据评估课题实施优劣情况提出动态调整和通报建议，并报水专项领导小组，在明年年初课题完成整改落实。
　　环境保护部科技标准司巡视员兼副司长刘志全在总结讲话中指出，此次评估检查是水专项“十二五”第一次全面、系统的监督检查，各位专家和同志要以客观、公正、严肃、认真和高度负责的态度开展评估检查工作，认真查找问题，不回避矛盾，不放过一个漏洞，要本着发现问题的目的开展评估检查。要充分发挥地方作用，中期评估和年度检查由国家水专项办统一组织开展，具体各流域评估工作要由地方水办负责组织实施，地方水办要做好组织管理工作，统一调度所辖流域课题评估汇报和现场检查，保障中期评估和年度检查工作安全有序开展，牢牢把握工作进度，保障评估质量。
　　截至17日，水专项已完成共性产业化板块有关课题，湖泊板块巢湖项目，河流板块海河项目有关课题的评估检查工作。