目前已知肠易激综合征和很多因素相关，最重要的有以下几点：
1.结肠收缩活跃，蠕动增强。这在腹泻、腹痛型患者中特别明显。
2.小肠蠕动加快，水分吸收减少，这是构成腹泻型肠易激综合征的重要发病机理。
3.便秘型肠易激综合征患者肠道蠕动减慢，水分吸收过度。
此外，食管、胃也会有不同程度的运动功能紊乱
4.患者有焦虑、抑郁、恐惧等不同程度的心理疾病，类似中医说的百合病、癫证、郁证、躁证等
5.内脏感觉过敏是一个重要的肠易激综合征发病因素，常表现为感觉过敏，当食丸进入盲肠，患者的直肠-乙状结肠压力即可见到增加引起餐后腹痛。这种内脏感觉过敏在腹泻型或者便秘型患者均可出现。催眠能降低直肠扩张感觉，这对腹泻型肠易激综合征患者比对便秘型肠易激综合征患者更为显著。
目前，西医治疗此病基本上是对症治疗，还不能治本，难以根治。中医药疗法有更好的效果。