历任总统[编辑]
何塞·德·巴列 José Cecilo del Valle 1824年－1825年
曼努埃尔·何塞·阿尔塞 Manuel José Arce 1825年－1829年
何塞·弗朗西斯科·瓦伦迪亚 José Francisco Barrundia（过渡总统）
弗朗西斯科·莫拉桑 Francisco Morazán 1830年－1840年

1838年4月30日，尼加拉瓜宣布永远脱离联合省。5月30日，中美洲联合省联邦国会通过一项决议，宣布各国可以自行决定同联邦间的依附关系。8月30日哥斯达黎加独立，11月5日洪都拉斯独立。1839年4月13日危地马拉独立，中美洲联合省只剩下萨尔瓦多一个成员国。1840年3月，卡雷拉军队占领萨尔瓦多，莫拉赞总统流亡巴拿马。1841年2月18日萨尔瓦多宣布独立，中美洲联合省正式消亡。

1842年莫拉赞回到哥斯达黎加，并通过选举控制了该国政府。他试图恢复联合省，并策划首先入侵尼加拉瓜，但却是被哥斯达黎加保守派推翻，于1842年9月15日，即中美洲联合省独立21周年那一天被处死。
卡雷拉在危地马拉建立了稳固的政权。但是在尼加拉瓜、洪都拉斯和萨尔瓦多，则不断发生试图推翻保守派的政变。这三国具有较强烈的联邦主义情绪，一再地试图恢复中美洲联合省。1842年，这三国建立起一个松散的邦联，但是两年后因内部纷争而解散。
原中美洲联合省解散后，其成员国的保守派和自由派仍对邻国的相同派别予以支持，并在邻国国内发生政治冲突时予以援助。各国政府经常在敌对派掌权的邻国发动革命，推翻其现政权。1851年，卡雷拉指挥的一支由危地马拉军队和萨尔瓦多、尼加拉瓜、洪都拉斯保守派组成的强大军队打败了萨尔瓦多和洪都拉斯的联军，摧毁了恢复联邦的最后希望。此后中美洲五国曾经多次组织起联邦或邦联，但都未延续长久。这些尝试包括：
1852年10月至11月，由萨尔瓦多、洪都拉斯和尼加拉瓜组成的“中美洲联邦”（Federación de Centro América）
1885年危地马拉总统瓦里奥斯（Justo Rufino Barrios）为统一中美洲而对萨尔瓦多进行的军事远征
1896年至1898年，由萨尔瓦多、洪都拉斯和尼加拉瓜组成的“中美洲联邦共和国”（República Federal de Centroamérica）
1921年至1922年，由萨尔瓦多、洪都拉斯、哥斯达黎加和危地马拉组成的第二个“中美洲联邦”（Federación de Centro América）