兰州玫瑰产业发展中也存在着许多突出问题。首先，标准体系有待进一步完善。由于生产标准、出口标准、行业标准和地方标准的制定不够完善、执行不够到位，使兰州玫瑰生产、加工和销售长期处于无标可依的状态，在一定程度上制约了产地规模的扩大和产品加工增值及出口创汇，也造成了一些中间商压级压价、销售者以次充好、掺杂使假等扰乱市场的问题。
其次，产业体系有待进一步健全。多年来，兰州玫瑰的生产依靠千家万户，加工处于低端水平，销售依赖客商委托收购，没有形成规模化生产、现代化加工和一体化经营的格局，整个产业链条处于相对松散的状态，不利于稳定鲜花和花蕾价格、保障花农利益，极大地限制了基地的发展规模和质量。同时，科技和资金投入有待增加。专业人才匮乏、专业研究所作用发挥不突出，导致长期存在玫瑰品种退化严重、精深加工技术缺乏、产品单一、科技含量低等问题；精深加工和新产品研发严重滞后，缺乏龙头带动和必要的资金扶持，企业大多为作坊式，设备老化，工艺落后。
此外，品牌建设有待强化，市场营销亟待加强。兰州玫瑰品牌的创立、管理和宣传不到位，独特的品牌价值没有发挥应有的效应。市场营销中缺乏营销主体，尤其缺乏有实力的企业，缺乏有市场开拓能力的协会和合作组织；营销渠道不畅、网络不健全；缺少层次分明、结构合理的产品。
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