巴珠玛尼堆
巴珠仁波切看马
在佐钦熙日森五明佛学院的后山上，有一殊胜的玛尼堆，由于当年巴珠仁波切经常来此绕转，如今这个玛尼堆叫做“巴珠玛尼”。有一次巴珠（华智）仁波切正在绕转时，上来了一位牧民，他牵着一匹马，带着一桶酸奶。当走近玛尼堆时，他向巴珠仁波切问道：“请问巴珠仁波切住在哪里？”仁波切指着不远处他住的山洞说：“住那。”牧民看到仁波切穿的衣服很破烂，便不以为意，他把马缰绳系好，对仁波切说：“我要过去拜见巴珠仁波切，请你顺便帮我看一下马，等会儿酸奶有剩下的给你喝。”巴珠仁波切爽快地说：“好，没问题。”然后牧民去了巴珠修行洞。别人告诉他：“巴珠仁波切就是转玛尼的那个。”

巴珠仁波切修曼扎的山洞
我只有这顶灰帽子
巴珠仁波切对于佛教的一切经、论、说及宁玛派遍智者龙钦巴和吉美林巴尊者、萨迦派萨迦班智达、格鲁派至尊宗喀巴大师等新、旧诸派大德们的著作都作了广泛的闻思学习，完全摒弃了宗派偏见。后来，他亦不分宗派、毫无偏颇地教导各派弟子。如今，一些有分别心的僧众，对其他教派的传承上师不甚敬重，但只要一提起巴珠仁波切，他们都会恭敬赞叹，倍加尊重。因为直到现在各大教派的僧众们都把巴珠仁波切的《普贤上师言教》等著作作为重要的修行法本。
有一次巴珠仁波切来到一所格鲁派的寺庙。一天早上，巴珠仁波切正坐在经堂里的出家僧众的最后边，这时一位不认识仁波切的、分别心很重的铁棒喇嘛过来了，问道：“你是什么教的？” “佛教。” 巴珠仁波切回答说。铁棒喇嘛生气了：“我当然知道是佛教！但我问的不是这个，我问你是戴黄帽子的还是红帽子的（意思是黄教还是红教）？”巴珠仁波切心平气和地从怀里掏出一顶破破烂烂的、灰色羊皮帽子，说道：“我没有红、黄帽子，只有这顶灰帽子。”

巴珠仁波切修托嘎的山洞
老狗巴珠
多钦哲·益西多吉是持明吉美林巴的意化身，是具有大神通的、修行大圆满获得成就的伟大上师。他行为特别，留长头发，衣着随便。巴珠仁波切对这位不寻常的大师具有强烈的虔诚心，视其为佛，上师也以各种密宗的超凡行为赐予他不共的加持，直指心性。在扎曲卡的有一天，多钦哲看到巴珠仁波切从附近经过，便大喊道：“喂！巴给，有胆子就过来！”待巴珠仁波切一走近，多钦哲便一把揪住他的头发，把他打倒在地，然后在泥地上拖拽。巴珠仁波切看到多钦哲醉得很厉害，呼气中也透着一股酒气，暗想：“连他这样的大证悟者也会醉成这样，做出不如法的举动！”他的心里浮现出佛陀对饮酒过失的阐释。
就在这一刻，多钦哲突然松手放开巴珠仁波切，狠狠地瞪着他说道：“呸！你的脑袋瓜里，竟生起如此恶分别念，你这条老狗！”接着朝巴珠仁波切脸上吐口水，向他伸小手指，然后走了。刹那间，巴珠仁波切了悟到：“我完全被迷惑了，这是一个直指究竟心性的甚深教授。”于是将自心安住，顿时一切不清净分别念全部断尽，无碍觉性的证量从心中自然生起，清朗如无云睛空。早先吉美·加卫尼固上师授予的本觉教示宛如破晓，而多钦哲上师给他的这个证验则像圆满的日出。后来，巴珠仁波切开玩笑地说：“‘老狗’是多钦哲上师赐给我的秘密灌顶法名。”在巴珠仁波切的一些著作上，他也署名为“老狗巴珠”。

巴珠仁波切
巴珠仁波切的上师
巴珠仁波切对自己的上师十分敬重，当年在佐钦的大威德洞中修行的时候，每天都要步行近一个小时下山到佐钦寺给他的上师第四世佐钦法王美久·囊卡多吉磕一百个大头，然后再步行一个多小时回到洞中继续修行。除了传授显密教法的至尊上师之外，巴珠仁波切还有一位传授他《普贤上师言教》的“上师”。
宁玛派的六大主寺之一噶陀寺有一座非常殊胜的万佛塔，仁波切有一次前去转塔，碰到一位素未谋面、名叫加隆的喇嘛，两人一起转塔转了几天。一天，加隆喇嘛问仁波切：“你知不知道巴珠仁波切的《普贤上师言教》里所说的‘三殊胜发心’？”仁波切说：“不知道。”“转塔当然非常好，但是你却连‘三殊胜发心’都不知道，实在是很可怜，我还懂一点，可以讲给你听。”“那很好。”于是巴珠仁波切每天在加隆喇嘛面前认真地听受《普贤上师言教》，当加隆喇嘛讲到一半的时候，噶陀寺最大的活佛噶陀司徒仁波切发现了巴珠仁波切，于是请求他传法。加隆喇嘛得知巴珠仁波切要在噶陀寺传法的消息非常高兴，连忙把这个好消息告诉了他的“弟子”。
等到巴珠仁波切开始传法时，加隆喇嘛才发现他的“弟子”竟然是巴珠仁波切，感到十分惭愧。巴珠仁波切非常慈祥地对他说：“你有这么好的慈悲心，以后你还可以给别人讲，不过有几处地方需要修正一下……”仁波切非常详细地指正了加隆喇嘛讲法中的几处错误，鼓励他以后继续传讲《普贤上师言教》，并给予他极大的加持。

第五世佐钦法王留在石头上的脚印
巴珠仁波切和年幼的五世佐钦法王
第四世佐钦法王圆寂、第五世佐钦法王被认定后，巴珠仁波切成为第五世佐钦法王的上师。在第五世佐钦法王七岁时，巴珠仁波切给法王传授《大幻化网续部》，随伺的还有法王的经师。对于这位前世是自己至尊上师的第五世佐钦法王，巴珠仁波切十分恭敬。第一天传法时巴珠仁波切把自己的法衣叠好放在枕头上请法王就座，年幼的法王听话地坐上去了。回去后，法王的经师批评了他：“你怎么能坐在巴珠仁波切的法衣上呢！”第二天，巴珠仁波切又如是请法王就坐，法王再不敢坐了，巴珠仁波切转头对经师说：“该教的佛法你不教，不该教的世间法，从昨天晚上到今天早上这么短短的时间你就教了一个！”

巴珠仁波切修行洞 现在里面装满了擦擦
大圆满就是这样
纽修龙多是近代最伟大的大圆满传承上师之一，曾经跟随巴珠仁波切学习佛法达十八年之久，那时他修行极为努力精进，却一直未得到最殊胜的无上大圆满法。有一个特别的夜晚，巴珠仁波切终于传法给他，当时他们住在佐钦寺后山的那琼玛修行洞中。
佐钦的夜晚，清静美丽，巴珠仁波切仰卧在地，他把纽修龙多叫来：“你说你不懂心性，是吗？”“是，仁波切。”“实际上没有什么好知道的，”巴珠仁波切淡淡地说，“我的孩子，过来躺在这里。”纽修龙多挨着他躺了下来。于是，巴珠仁波切问他：“你看到天上的星星吗？”“看到了，仁波切。”“你听到佐钦寺的狗叫吗？”“听到了，仁波切。”“你听到我正在对你讲什么吗？” “听到了，仁波切。”“好极了，大圆满就是这样，如此而已。”就在那一刹那，纽修龙多豁然开悟了！他从染与净、是与非的枷锁中解脱了出来，体悟到本初的智慧，空性和本有觉察力的纯然统一。