这是进化论吧吧友@大闪蝶 的翻译版本
神创论者反进化论的文章能有说服力，很大一部分原因就是：他们针对的并非是进化论，而是一系列误解，人们有理由认为这些误解非常可笑（ludicrous）。神创论者错误地相信，他们对进化论的理解就是进化论真正主张的内容，从而宣布进化论破产。其实，他们根本连进化论的边儿都没碰到。（科学教育跟不上，显然恶化了这一情况。连美国大部分生物专业的大学新生也不懂进化论。）
以下五个观点大概就是神创论者眼里当活靶子的进化论版本——最常见的误解。如果读者诸君听见谁这么主张，那极有可能是此人根本不懂进化论的真正理论，从而也说不出什么可靠的（informed）观点。
1：从未观察到进化。
2：进化论违反热力学第二定律。
3：没有过渡型化石。
4：进化论主张生命的产生和发展都是随机的。
5：进化论只是理论，还没有证实。
下面就来逐个解释这些主张为什么是错的。这只是简单的解释，详细的还得麻烦诸位看看文末的资料。
1：“从未观察到进化”
生物学家认为，进化就是一个种群的基因池（gene pool）随时间而发生的变化。其中一个例子就是昆虫在几年时间里对杀虫剂产生的抗药性。即使多数的神创论者也相信在这个层面上，进化史一个事实。他们不赞成的乃是：这个速度的进化，可以让生命从一个共同祖先，发展到现今如此多样。
进化产生的新物种也有人观察到了，有实验室里的，也有自然环境下的。例如，Weinberg, J.R., V.R. Starczak, and D. Jorg, 1992, "Evidence for rapid speciation following a founder event in the laboratory." Evolution 46: 1214-1220. TO的FAQ《观察到的新种发生的例子》提供了一些其他的例子：
http://www.talkorigins.org/faqs/faq-speciation.html
就算没有直接的观察结果，也不能说进化没有观察到。进化不仅限于看见眼前发生的事物，它还可以预言我们会在化石记录、比较解剖学、基因序列、物种地理分布等方面会发现什么，而这些预言已经被证实很多次了。支持进化论的观察记录是无以数计的。
没有观察到的是一种动物突然变成一种差别很大的动物，比如青蛙变成牛。这不是进化论的问题，因为进化论从来就没这么主张过。实际上，如果咱们真的看见青蛙变成牛了，那就是一个有力的反进化论证据！
2：“进化论违反热力学第二定律”
这与其说是对进化论的误解，不如说是对热力学的误解。热力学第二定律是这么说的：“不可能把热量从低温物体传到高温物体而不引起其他变化。”（No process is possible in which the sole result is the transfer of energy from a cooler to a hotter body." [Atkins, 1984, The Second Law, pg. 25]。汉语译文取自wiki同名条目的克劳修斯表述——大闪蝶）。现在您大概就摸不着头脑了：这跟进化论有什么关系呢？混淆产生在这个定律用另外一种方式表述的时候：“封闭系统的熵（entropy）不可能减少”。熵是用来指示不可用能量的一个指标，而且经常（不是永远！）跟我们的直观观念“无序性”或者“随意性”是一个意思。因此神创论者就曲解第二定律，说：事物总是从有序到无序，毫无例外。
但他们却忽视了这么一个事实：生命并不是封闭系统。太阳提供的能量，要远远高于驱动事物的最低能量。如果一棵成熟的西红柿能拥有比自己当初还是种子时更多的可用能量，凭什么有人会认为下一代西红柿就不会拥有更多的能量呢？神创论者有时候想绕过这个问题，说：是生命携带的信息让它们实现有序状态的。但是，并不只有生命不受第二定律制约，从无序到有序的现象，在无生命的系统里也是很常见的。雪花、沙丘、龙卷风、钟乳石（stalactites）、沉积的河床、闪电都是自然界中从无序到有序的例子，没有一个需要智能设计才会出现。在任何有很多能量交换的大型系统当中，几乎都肯定能找到一些有序的地方。如果从无序到有序是违反热力学第二定律的，那怎么又在自然界中随处可见（ubiquitous）呢？
拿热力学反驳进化论，既是对进化论的误解，也是对热力学的误解，因为对进化机制的清晰理解可以从这个反驳里找出不止一个大问题。进化论主张，生命繁殖的时候，代与代之间只有很小的变化（针对这种物种自己而言）。比如说，动物的附肢可能比起亲代来有长有短，有粗有细，有黑有白。人一只手有五个指头，但有可能也有人一只手有四个或者六个。一旦这种不同出现了，进化就会造成不同的“繁殖成功率”。比如说，可能腿长的动物存活率更高，从而比腿短的动物产生更多后代。这些过程今天依然可以观察到，而且当然是不违反任何物理定律的。
3：“没有过渡型化石”
所谓过渡性化石，就是样子类似两个世系（lineages）之间的中介性物种，即有一些世系A的特征，也有一些世系B的特征，还可能有一些介于两个世系之间的特征。过渡性化石可以在任何分类层级的种群间形成，比如种（species）间，目（orders）间等等。理想的过渡性化石，其发现的地层应该正好处在祖先世系第一次出现和后代世系第一次出现之间，但进化论也预测某些带有过渡形态的化石会出现在两个世系之后。进化论从来没说过，过渡形态（或任何生物）只能有一种形态的后裔，也没说过后裔一进化，过渡形态就得灭绝。
说过渡性化石没发现，完全是骗人的鬼话。古生物学（Paleontology）自从《物种起源》出版之后已经有了点进展，发现了数千种过渡化石——以目前相对严格的标准，以及较不严格的标准而言（by both the temporally restrictive and the less restrictive definitions，这句话有点不确定——大闪蝶）。化石记录依然缺乏连续性，以后也一直会缺乏——遗体侵蚀和化石化条件的缺乏让这种情况是不可避免的。而且，过渡形态可能数量较少，区域较小，时间较短，其中任一条件都会降低发现过渡性化石的机会。但依然有很多场合，有着过渡性化石的完整序列存在。一些著名的例子包括：爬行类到哺乳类的过渡形态、陆生动物到鲸的过渡形态，早期猿类到人的过渡形态。更多的例子参见talk.origins网站的《过渡性化石》FAQ http://www.talkorigins.org/faqs/faq-transitional.html，以及http://www.geo.ucalgary.ca/~macrae/talk_origins.html，这个网页有一些无脊椎过渡形态的图像。
有一种平常关于分类的想法，助长了缺乏过渡性化石的误解。人们想到“狗”和“蚂蚁”这样的分类时，经常潜意识地相信，这种分类有一个清楚的界限，还有一种永恒的理想形态（即柏拉图的思想）可以定义这个分类。这种想法让人们认为始祖鸟是“100%的鸟”，而它显然同时具有鸟类和爬行类的特征（实际上爬行类特征更多）。说白了，类是人分出来的。自然并不受分类的限制，而且始终都没有受过。
一些神创论者宣称，间断平衡论（punctuated equilibrium）（艾尔德莱奇（N.Eldredge）和古尔德（S.J.Gould）提出的）就是为了解释化石记录的断层。实际上它是为了解释过渡性化石的少见，而不是没有；也是为了解释为什么新种出现的速度在一些情况下很快，另一些情况下是逐渐出现的，而一些物种的某些阶段完全不出现。它从未以任何形式否认过渡序列的存在。而且，艾尔德莱奇跟古尔德都公开反对神创论。
“但是古生物学学者已经发现了一些极好的中间类型的例子和序列，足够说服任何不带偏见的怀疑主义者，让他们相信生命的自然家谱的实际情况。”——古尔德， Natural History, May 1994

4：“进化论认为生命的起源和进化的过程，都是随机概率（random chance）决定的”
大概没有其他的言辞，比这个更能证明发话人不懂进化论了。随机概率确实在进化中占很大一部分，但这个论点完全无视了自然选择的基本作用，而自然选择恰恰是概率的反面。概率以变异的形式提供多样的基因，这就是自然选择要加工的原材料。自然选择筛选出特定的变异，那些比父辈更能获得繁殖成功的变异类型（而且概率确保这样的有益变异是不可避免的）就保留了下来，而不那么成功的变异就被淘汰了。当环境改变时，或当生命体移动到不同环境时，不同的变异就接受选择，最终导致了不同物种的出现。有害变异一般会很快灭亡掉，因此并不干扰有益变异积累的过程。
原始生命的发生（abiogenesis）也并非纯粹因为概率出现的。原子和分子的组织结构不是完全随机的，而是按照化学特性组织的。复杂的分子当然可以进行自组织，比如碳原子（In the case of carbon atoms especially, this means complex molecules are sure to form spontaneously.这句话有点不清楚——大闪蝶），而这些复杂的分子还可以彼此影响，来形成更加复杂的分子。一旦出现一个大致可以发生自我复制的分子（Once a molecule forms that is approximately self-replicating. 这句话有点不清楚——大闪蝶），自然选择就会引导形成更有效的复制者。第一个自我复制的物体并不需要像一个现代细胞那么复杂，甚至也不需要像一条DNA链那么复杂。一些自我复制的分子并没有有机分子那么复杂。
有些人依然宣称，在某个特定的时刻形成一个特定的自我复制的分子是完全不可能的（尽管他们不明着说“特定”，而是在计算中暗示出来）。确实如此，但不停变化着的分子有如恒河沙数，而且谁也不知道有多少个可能自我复制的分子成了“第一个”。关于原始生命可能性的计算毫无意义，除非能够意识到：极广范围内的材料都可以形成第一个自我复制者；第一个复制者有着可能不计其数的不同形式；以及这样一个事实——可自我复制的分子，其构建过程的大部分，都不是随机的。
还要说一点，进化论的基础并不是“最初的生命是怎么出现的”。任何原始生命立论的真假，都不会影响进化一丝一毫。
5：“进化论只是理论，还没有证实”
首先咱们得澄清一下进化是什么意思。跟很多词一样，进化也是个多义词。严格的生物学定义是“等位基因频率（allele frequencies）随时间推移而发生的变化”。根据这个定义，进化乃是一个不可辩驳的事实。多数人似乎都把“进化”这个词视为“共同起源”（ common descent,）联系起来，即所有生命来自一个共同祖先。很多人相信，有足够的证据管这个也叫一个事实；但是“共同起源”依然不是进化论本身，而只是一小部分（也是几个很不同的理论的一部分）。进化论不仅主张生命是进化的，还包括进化机制，例如变异、自然选择、基因漂变（genetic drift），从很多方面详细解释了生命是怎么进化的。
说进化论“仅仅是一个理论”严格说来，是正确的；但这么说想要表达的理念可是完全错误的。这个论点把“理论”在非正式场合和科技场合的意义混淆在一块了。在科技场合，“理论”的意思是“人们由实践概括出来的关于自然界和社会的知识的有系统的结论”（原文为"a coherent group of general propositions used as principles of explanation for a class of phenomena" [Random House American College Dictionary].，直译为“一系列连续的一般陈述，用作解释一类现象的法则”；汉译取自《现代汉语词典》——大闪蝶）。这个术语并不表示探索性（tentativeness）或缺乏确信度。一般来说，科学理论跟科学法则的不同，仅仅在于科学法则没法表述得更加简练。一个东西成为理论，就意味着它可以自洽、和观察到的现象一致，并且有用（神创论不能成为理论主要是因为最后一点，它关于我们会找到什么，并不作什么主张，因此它不能用于任何事。它确实作出可证伪的预测的时候，那些预测又清一色被证实是假的。）
缺乏证据也不是弱点。相反，说自己的结论无懈可击，那叫狂妄自大。有史以来，客观世界里从没有任何东西百分之百证实是真的，以后也永远不会有。“证据”（Proof）在数学的概念中，只有在你足以定义你涉足的领域时才有可能出现（is possible only if you have the luxury of defining the universe you*re operating in）。在客观世界中，我们必须根据观察到的现实，面对不同层级的可能性。我们对某种事物的依据（evidence）掌握得越多越好，它的可信度就越高；只要有了足够的依据，就可以称某物为一个事实，尽管依然不是百分之百地确信。
进化所拥有的东西，是任何好的科学论点都拥有的——依据，而且是大量的依据。基因学、解剖学、生态学、动物行为学、古生物学等等各个学科的范围很广的观察记录，全部支持进化。如果您打算挑战进化论，就必须对付这些依据，证明这些依据是错的，或者跟进化论无关，或者更适合另外一种理论。当然，想这么做，您必须既知道理论，也知道依据。