一、概念基本含义唯物主义有神论认为唯物主义和有神论并不是天然水火不相容的，这种对立可能只是阶段性的，一方面是因为人们对自然的认识范围还有限，人类还远没有洞悉宏观宇宙和微观世界的全貌，我们对自然的认识还处在相对的“中观”层面，一些本来是自然的、物质的存在只因其所特有的属性不能为我们理解而被我们怀疑或否认；另一方面，由于各种宗教的传统的观念的延续，有神论者们往往把“神”绝对化了，神不仅是超物质的和绝对全能的，甚至可以是超逻辑超理性的。由于唯物主义和有神论的对立，科学与宗教也往往是对立的。即使不是完全对立，至少也是相互分离的。例如在科学与宗教关系的类型研究中，有的学者将其分为对抗与非对抗关系两类，有的则将其细分为冲突，独立，对话以及整合四种类型。其中的“整合”关系并没有达成宗教与科学的统一，例如在通过自然神论或过程神学等学说实现的科学与宗教的整合中，自然神论实际上否认了人格神的存在，更倾向于唯物主义和无神论；过程神学虽然不承认作为绝对控制力量的完全不变的神，但并没有说明神究竟是什么，似乎只是某种在事物发展过程中注入新奇的力量，因而很多人也索性把它视作无神论。如果我们不再像传统宗教那样把神看作是绝对超越于自然之上的精神存在，而只是把神看作是一种特殊的生命形态，看作是自然的一部分，是自然中我们尚未充分认识的那部分，把神看作是有着某种物质和能量基础的强大的生命体，那么唯物主义和有神论就可以不再对立了，科学与宗教也就有可能达成统一了（这里所讲的统一，主要是指自然科学有可能对灵魂、神、神迹等宗教要素的存在作出合理的解释，而不涉及到具体宗教教义中主张的道德规范、行为准则、仪式设置等，因为这些是与科学并行的，不存在冲突或统一的问题）。

二、两个前提公设唯物主义有神论需要两个公设作为前提，第一个是系统的结构决定了系统的功能，系统的功能依赖于系统的结构。一般来讲，一个系统的功能的复杂度与其结构的复杂度是一致的。一个系统的结构越复杂，则其可能具有的功能也越复杂；一个系统如果想具有复杂的功能，则必须具有复杂的结构，而且系统整体具有的高级功能无法用其组成部分的孤立的特征来解释。尤其需要强调的是，“在外部环境相同的情况下，具有相同结构的系统必然具有相同的功能，具有类似结构的系统也具有类似的功能”。第二个公设是现实的结构需要有物质载体的支撑，没有物质载体支撑的抽象结构不会具有现实结构所具有的功能。图纸上的房子不能住，设计图上的汽车不能行使，这是很简单的道理。有了上述前提，我们就可以反推，如果说灵魂、神等是存在的，就等于说他们是表现出各种功能的，如惩恶扬善等，如果神存在而不表现出任何外显的功能，那和不存在也没什么区别了。自然神论中的神就是一个没有任何功能的神，因而他存在不存在都一样。既然灵魂和神必须是有功能的，那么灵魂和神也必定是有内在结构的，只有这种结构才能够保证其功能的发挥。既然是有内在结构的，那么灵魂和神就必然要有维持其结构的物质基础、物质载体。

三、可能构成灵魂和神的物质首先，我们先想一想假如有构成灵魂和神的物质存在，那么这种物质应该是什么样的。第一、它的密度应该是非常小的，因为人或动物的肉体死亡后并没有发现其重量有明显的减少，至少目前还没有见到这方面的可靠实验证据；第二、它应当是透明的，没有任何颜色，所以肉眼无法观察到其存在；第三、它是没有任何气味和味道的，不能引起人们的嗅觉和味觉的反应；第四、它在结构上是非常细微的，因而可以穿越任何其它普通的物质，并且与实体物质很少发生相互作用，因而现有的仪器设备还无法探测到它的存在；第五、它聚合在一起后仍然具有很高的弹性和柔韧性，形状容易改变，其形状可以是不固定的；第六、它本身也包含着能量，所以灵魂才可以运动并能够表现出某些功能。构成灵魂和神的物质（以下称“灵质”）应有的这些特性，让我们很容易就联想到了天体物理学正在探索的“暗物质”(dark matter)和“暗能量”（dark energy）。现在多数科学家认为，暗物质可能由一种人们目前还没有充分认识的亚原子粒子构成，有的科学家认为暗物质有可能是一种中微子（neutrino），一种质量不及电子的百万分之一的极其微小的粒子。上世纪90年后期，科学家们通过对超新星的观测，发现宇宙在加速向外膨胀，而暗能量是对这种现象的最合理的解释。为取得该项研究成果做出主要贡献的美国天体物理学家索尔·佩尔马特（Saul Perlmutter）等三人获得了2011年的诺贝尔物理学奖。虽然暗物质和暗能量究竟是什么目前人们还不完全清楚，但其存在已经为科学界普遍承认，因为来自不同方面的观测和研究结果已经能够相互印证，如对星系旋转速度曲线（velocity curve）的观测，对宇宙微波背景辐射的观测等。暗物质和暗能量可能在宇宙中是大量存在的，根据天体物理学家的推算，在整个宇宙的质量和能量的总体中，暗物质大约占的23%，暗能量占大约72%，而以我们可见的原子状态存在的物质只占大约4.6%。根据科学家的描述，暗物质可以穿透任何普通物质，也不与普通物质发生任何相互作用，这类物质本身不会发出可见光、红外线、紫外线等任何电磁辐射，也不吸收和反射任何光，而且是完全透明的，因而难以探测，所以被称为暗物质。暗物质的这些特性都与灵质应有的特性高度一致，所以我们有理由将二者联系起来。有了构成灵魂和神的物质基础，那么对灵魂和神就可以做出唯物主义的解释了。

五、神的能力问题按照唯物主义有神论对神的解神，神显然不再像某些传统宗教中理解的那样是全能的，神的能力可以非常之大，可以大到人类难以想象的程度，但无论多大总是有界限的。神的活动也必须是在自然律之内的，神不能是超逻辑的。神迹并不是超越自然规律的，而只是它的发生所遵循的那些自然规律我们目前还不很清楚而已，也许就是暗物质和暗能量的规律。如果不再坚持神的绝对的全能，那么传统宗教哲学中的那个两难问题也就不复存在了（约翰·希克，1988：82-83）。神的能力虽然在某个特定的时刻是有限的，但由于神有能力不断从宇宙中获取更多的能量，所以神的能力是处在不断增长过程中的，从这个角度来说，神的能力也可以说是无限的，神想达到的目标总有一天会实现的。

六、进化论与创造论的调和无神论与有神论的对立、科学与宗教的对立更具体地表现在进化论与创造论的对立上。不过，如果从“唯物主义有神论”的观点出发，那么进化论和创造论并不矛盾。当然，前提是要对创造论做新的理解。从最长远的历史范围来看，宇宙中的生命的从无到有只能来自进化，进化论是对宇宙中最初生命的形成的唯一理性的解释。但从局部的范围来看，创造很可能也是存在的。宇宙中最早的生命——神——为了为后来的生命的繁衍提供更加适合的环境，他们很可能对某些星球甚至星系进行了改造，这种改造在宗教中被表述为神的创世。人类的出现和发展过程很可能就包含了这种改造。从亚当的肋骨里创造出夏娃，也许就是地球上最早的基因工程和克隆技术，只不过在克隆过程中改变了人的性别，这点我们现在好像还没做到。

七、对一些学科的可能影响唯物主义有神论对生理学、医学、心理学等学科的发展也将产生深远的影响。如果我们承认灵质的存在并且在生命体内参与生理活动的全过程，那么在生命科学的研究中就不能忽视它的作用。例如在医学领域内，目前一些找不到明确病因的疾病有可能找到病因答案，对一些疾病的发病机理有可能做出新的解释（如精神分裂症等）。该假说可以拓宽传统中医学的研究思路，“气”、“经络”等概念是传统中医学的核心概念和理论基石，这些理论之所以还无法和现代科学满意地衔接，最关键的问题就是“气”的物质性还没有得到科学的验证，人们对其理解有很大的分歧和随意性。如果将来“灵质”假说得到检验，那么“气”的问题可能也就迎刃而解了，传统中医学与现代科学的隔阂也将彻底消除。　　心理学中的一些概念，如潜意识、集体无意识等的含义也需要重新认识和界定；对梦、直觉、催眠术等认为是潜意识的表现的心理现象应该给出新的解释。例如，潜意识是精神分析理论的核心概念，如果我们认识到外在于人个体的灵体的存在，那么这种来自患者意识之外的干扰力量就非常容易解释了，因为它就是来自一些外部的灵体的干扰。按照这种解释，潜意识和集体潜意识都可以称之为“外意识”，因为它来自个体之外的灵体的作用。那么，相比之下，哪种解释更为合理呢？弗洛伊德和荣格对潜意识的解释是不具备可证伪性的，是无法检验的；而唯物主义有神论的“外意识”的解释从理论上说是具有可证伪性的，是有可能加以检验的，但目前却不具备加以检验的技术条件。如此看来，二者似乎不分高下，因为它们都对心理现象具有较强的解释力。但是，相比之下“外意识”的解释更为简单、直接，它不需要佛洛依德的潜意识形成的压抑和遗忘过程，也不需要荣格的种族进化过程中的经验的积累和遗传。因此，按照科学的简单性原则，我们有理由认为“外意识”的解释更为合理。