什么是三阶段疗法呢？第一步：快速清除可见疣体。采用co2激光、光动力、冷冻等手段。市一医院皮肤科是最早开展co2激光治疗尖锐湿疣的医疗单位之一。该科的治疗技师从事激光治疗20余年，很多特殊部位和巨大尖锐湿疣在他们的精心治疗后恢复健康。
第二步：清除看不见的亚临床感染。采用光动力治疗。光动力治疗为亚临床和潜伏感染提供了直接的无创治疗手段，是针对亚临床病灶及潜伏感染的一种靶向性治疗方法，治疗原理在于药物能够富集在HPV感染的组织里，并且转化成高于正常组织内浓度的PPIX，而PPIX是活性光敏剂，通过一定波长的光能量激发它可发生光化学反应，引起病变组织的坏死或凋亡，从而达到治疗的目的。通过光动力一个疗程的治疗，市一医院皮肤科已经成功地将尖锐湿疣的复发率降低到10%以下。
第三步：免疫治疗。外用和系统用药提高患者免疫力。尖锐湿疣HPV感染治疗后80%～90%的复发是出现在3个月之内，所以在前两个阶段的治疗之后的两个月，患者应该随访几次，女性患者应该检查子宫颈是否携带高危HPV病毒。可同时应用药物提高患者免疫力，并教育患者避免再接触，控制再感染。