1、根据样品基体/目的成分，选择固相的方法：
“固相物质要与样品基体及目的成分一致”是固相选择的一个标准，但还必须考虑到样品基体、目的成分的构造特性及时对使用溶剂的溶解度等综合因素，来选择固相。
2、固相的选择性
从官能基的特性上，对固相做了下列区分。在一般的混合相、特殊键合相里，因保留特性、清洗溶剂等关系，可以得到高选择性。并且，作分析前的前处理的手段，提高离子交换相选择性是一个有效的手段。
l 非极性/反相（C18、SDB等）
l 极性/正相（SL、FL等）
l 离子交换相（SAX、SCX等）
l 特殊结合相（PA、Aroma-Blue等）
l 混合积层相（SAX/PSA等）
要成功进行固相萃取，就必须将目的成分的特性（有无疏水性构造：有无-OH、-COOH、N等官能基、有无离子型官能基构造）和基体样品构造结起来考虑。另外，即使是经常使用的非极性相，固相上的选择性差异也是存在的，因此，建议使用最合适的固相。
3、固相的填充量和载量
要发挥固相萃取的效果，固相小柱的填充量及尺寸必须与样品基体及目的成分的负载量相适宜。
一般，C18固相小柱的总保留量最大为固相填充量的5%，注意要选择正确的尺寸，以免样品过载。