马氏在灸治肝病过程中注重通利腑气和通调水道。马氏认为，“对于各种慢性病，因病久脏腑传化，一般均会导致腑气的呆滞。灸治过程中必先通腑气，使肠胃的吸收、排泄功能趋于正常，则机体气血生化有源，体内的瘀滞及病理产物易于化解、排出，各种病症均能随之而好转”[1]。因此，对于明显大便不通者，先通利大便，灸承山和左大横，以大便通为度。
另外，马氏认为，灸治过程中还应先通调水道，对于肝硬化引起的腹水或者全身浮肿者，应配合灸利水穴。因此，在病人有腹水、小便不利或水肿兼症的情况下，加灸利水穴组如水分、水道和关元、曲骨、三阴交等，以小便通利和水肿消退后再常规灸治各种主病。