转基因问题不仅仅是一个食用它是否安全的问题。即使忽略转基因食物的生物有害性问题，若大量引进外来转基因农作物，则将威胁中国全体国民赖以为生的长远食物和种植业的国家安全。这并非危言耸听！
因为转基因作物有三个主要生物特点：
一是对原始的野生农作物具有逐灭作用，一旦大规模种植了转基因作物，当地原始野生农作物将被驱逐绝灭，这一点已被国内外大量种植地的实践证明，不再属于理论问题；
二是大多数转基因产品都是绝育产品，就象骡子，不能复制繁殖。无法像原来农作物那样，可以用打下的粮食作为来年的种子，而只能每年都购买新种子。转基因的作物，只能种植一次，收获的果实不能再次进行培育种值，这和传统的作物不同！传统作物是可以收获后，进行N次的培育种植。转基因作物也能发芽，但不能进行培育，因为生长起来不开花，自然就不能授粉，也就不能长出果实。世界上主要农作物转基因种子的专利权全部属于孟山都、拜耳、杜邦三家跨国大公司，购买种子就要支付昂贵的专利费。垄断了一国的种子也就垄断控制了他国的粮食命脉。
三是转基因作物对农药化肥具有特殊要求，因此种植后只能使用转基因种子公司指定的特种农药化肥。以后中国农民的种子，再也不能由农民自己掌握，因为转基因大米、玉米等植物是不能留种的，中国农民的自主权，中国人食物安全的根本权利，由此全部掌握在利益集团和他们背后的跨国公司手中。
另外，转基因粮食的其他配套费用，如特用的除草剂、化肥等等也全部掌握在跨国公司手里。而大量引进种植国外转基因物种将对国内自然原生态物种和环境造成严重污染，即使以后想恢复原来的原生态物种和环境也将不可能。
转基因食品对人类的影响目前尚无明确的定论，但是一些实验表明转基因食品对人体健康具有较大危害。2010年，由俄罗斯全国基因安全协会和生态与环境问题研究所Alexei Surov博士等科学家联合实验，选择农业中广泛应用的含有不同比例转基因成分的普通大豆，喂养具有快速繁殖率的坎贝尔仓鼠2年，结果证明，转基因生物对哺乳动物有害。研究人员发现，食用转基因食品的动物将失去繁殖能力。
2012年9月，法国凯恩大学的Seralini等科学家，在《食品化学毒物学》杂志公布的研究结果称，通过为期两年对200只实验鼠进行的分类试验，他们发现，用转基因玉米NK603和被“Roundup”（商品名“农达”）污染的饲料喂养的实验鼠，容易患肿瘤及内脏损伤。