衍圣公南迁后在南宋先后六传,至第五十三世衍圣公孔洙让爵为止。北宗一开始还算是找了孔家的旁支,金国建立的伪齐刘豫政权,于公元1131年封孔端友之侄孔璠为衍圣公, 三传至孔元措,因为孔元措随金国政权迁至汴京,于是改封其族兄孔元用权袭衍圣公,留曲阜主祀事。南宗理宗宝庆元年(公元1225年)收复山东,金国于是于次年改授孔元用之子孔之全为衍圣公。
蒙古于宪宗元年(蒙哥,公元1251年)封北宗第五十二代孙孔浈为衍圣公,但是因为孔浈身世可疑,其号称为孔元措之孙,但曾随母改嫁易姓为李,再由孔元措领回抚养,所以导致族内不满上书揭发,次年被罢,北宗的衍圣公爵位就此虚悬。
元世祖忽必烈灭宋后,于至元十九年(公元1282年)访查孔族,拟确立衍圣公,诏当时任南宗第六代衍圣公的孔洙去京议封。孔洙称因本支祖茔已有五代在衢,难以弃离,拒绝了元庭的封诏,称曲阜子孙守墓有功,所以愿让爵于北宗。忽必烈由此封孔洙为国子监祭酒、承务郎,免去衍圣公封号,但未立封北宗。 从性质上说,孔洙当时并非让位,实乃辞爵,并立即进缴“袭封衍圣公”印信,放弃了已经袭封五十三世的爵位。
直到元成宗贞元年(公元1295年)才封孔之全之子孔治为衍圣公,以致北宗衍圣公中断了43年。 元仁宗延佑二年(公元1316年)孔氏族人上书,指但是袭第五十四代衍圣公孔治之子孔思诚是庶支,应由孔思晦承袭。 于是元仁宗罢孔思诚,改封孔思晦,仍为第五十四代衍圣公。实际上,他们两人都不是北孔的嫡长孙。由于第四十六代衍圣公孔宗愿的子孙多已先后迁居他地,孔思晦之获封只因他是留在曲阜的长支,所以其后各代衍圣公都是孔思晦之后的嫡长子。
南宗失爵后逐渐衰落,明正德元年(公元1506年)授南宗孔子第五十九代孙孔彦绳为世袭翰林院五经博士。
从以上的历史叙述,可以了解南宗才是孔子后裔的正宗,但是北宗得到了由元至清王朝的承认,成为名义上的正式正宗。