此后数年关于教学、科研的相关规定陆续出台，军工的日常教学科研工作进入正轨。1958年送出第一届毕业学员。从筹备组建、校址选定、工程施建、师资配备、院系设置、学员招生到教学科研日常的规范化只用了短短5年时间，这本身在世界的教育史上也堪称奇迹（钱学森语）。诞生于共和国建立初期物资匮乏以及朝鲜战争这样的内外部环境下，哈军工承载着新中国国防建设事业的希冀，伴随着神圣的使命和无上的光荣。半个多世纪以来，哈军工及其传人为国家研制了几乎所有领域的重要军事装备，培养了无数的军事科研人才，确保在那个风云变幻的时代始终能有一支能打必胜的国防力量保卫新生的共和国政权稳固，保卫她的人民免于战争之火。哈军工无愧于老一辈革命家的殷殷重托。

不能不提的是钱老与哈军工的不解之缘。熟知历史的人会明白那个年代两弹一星的意义，明白钱学森回国后进行的火箭研究的意义。科技大楼前面的雕塑不知道NUDTER仔细看过没有，那就是为纪念钱老带领军工人员用纸和笔算出来的运载火箭而建。钱学森是两弹一星功勋奖章的获得者，是中国的航天之父，导弹之父，火箭之父，为中国的航天事业奠定了基础。其在力学、自动化控制科学、系统科学、人体科学等学科领域的建树也使后人受益。包括NUDT今天的院系设置，也是当年在钱老的指导下完成的。学校为了培养拔尖人才，成立了“钱班”（清华有个钱学森力学班）。大千世界、浩瀚长空，全纳入赤子心胸；惊世两弹、冲霄一星，尽凝铸中华豪情。
钱学森1955年回国后受到了周总理和军委最高级别的支持，成立了航空工业委员会，组建了火箭、导弹研究所（国防五院）并担任院长，担任中科院力学研究所所长，成立中国科学技术大学（合肥）。1955年底到哈军工参观，受到陈赓院长热情的接待。期间陈赓院长向钱学森问道
：“钱先生，您看，我们……能不能……自己搞出火箭来呢？”
钱学森双目炯炯，望着陈赓，不假思索，脱口而答：
“有什么不能的？外国人能造出来的，我们中国人同样能造出来，难道中国人比外国人矮一截不成？”
陈赓脸上掠过一丝惊喜，旋即眉锋一扬，紧紧握住钱学森的双手，以语到石穿的豪迈声音说：
“好！我就要您的这句话！”
这就是后来著名的“陈钱问答”（哈哈），1959年钱老第二次来到哈军工，谈导弹研制合作的问题。后来写信建议成立计算机学院，哈军工主体南迁后也一直关心着NUDT的发展，多次到NUDT视察并作指示。钱老自己的儿子也是在NUDT毕业。

钱学森与陈赓院长