首先陈述几个概念：
1、科学首先是一种方法论，用科学这种方法论的，归入科学，未使用科学这种方法论的，归入非科学；
2、经验经科学严格检验确实有效的，归入科学范围（应用科学的一部分），未经科学严格检验，但我们感觉上有效的，暂不归入科学；
3、中医的理论部分未使用科学的方法论，故中医的理论不是科学，属于1所列之非科学，中医的经验部分未经科学严格检验确认为有效的，只是凭信仰、感觉、直觉、个案、……认为有效的，暂不归入科学；
4、中医属于非科学，但非科学的东西被宣称为科学，则成为伪科学。这和“甲醇不是酒，把甲醇当酒卖，则成为假酒”是一样的道理。
5、不要把科学与有效或正确百分之百的划上等号。科学的不一定正确，正确的也不一定科学。用科学的方法得到的理论或内容可能是错误的，但错误的科学也是科学，只不过被淘汰而已；未用科学的方法得到的理论或内容即使正确，也不一定是科学。比如吃饭能解饥，这是有效的，正确的，但这不是科学，只是经验。
其次，我们再说方舟子，方舟子关于中医是否伪科学的论述很多，而不仅仅是喊一个“中医是伪科学”的口号，他关于中医的论述主要在以下几个层面：
1、中医的思维体系是玄学式的，而非科学式的，即中医的方法论未使用科学的方法论；
2、中医的有效性未经过科学这种客观、严格、严谨的检验，它可能存在一些有效性，但哪些是有效的，在科学检验之前，无法确认，而我们老百姓觉得有效，以及宣传的XXXX案例，都不是科学的检验方法，有很多漏洞会让人主观上感觉有效；
3、古中医典籍中有诸多用中医的理论得到的药方但现在看来是极其荒唐的，而这种理论到现在，中医界也未修正过，而且还在继续使用着。
具体的内容不在这个回复中详说，有兴趣的话，可以搜索更详细的内容。我不敢说方舟子无错，但到目前为止，方舟子的论证中所给出的证据，要比中医界给出的证据硬得多，因着这些证据，我从中医粉儿渐渐转变为质疑中医。
再次，方舟子的打假是否正确，取决于我们对证据的要求程度，对证据要求度越高的，越容易接受方舟子的观点，而对证据的要求取决于兴趣的，则会是两种情况，一是见方必黑，一是见方必粉，而我本人由于是法学出身，对证据的要求较高，因此，每次我先入为主地认为方舟子是打假打晕头的时候，一旦看到他和对手提交的证据，基本上都会接受方舟子的观点。
最后，欲了解方舟子的观点是否正确，不要光看方舟子一个人说什么，也不要光看黑方舟

中医治疗是一种经验学，把经验依附到中国哲学上，出现了中医学
如果说中医是一种伪科学，那么中国哲学是不是伪科学呢？
问题的症结就在这种依附关系我们怎样去看待：哲学对具体科学的指导作用的巨大是勿庸置疑的，如果说中医是一种伪科学，这也是绕着弯子骂娘。如果说中医是一种科学，她只是哲学指导下的一种具体学问而已，凭着一种依附关系就可以升天，可以蒙蔽很多人，但是群众的眼睛终归是雪亮的。
用哲学去解析一些经验而形成的体系，这是科学吗？
科学是要有具体依据的，重复性很强。得出来的结果也许很有用，也许只是拿来玩玩的。
哲学很大部分是在一个时代的一些人的天才的设想，有的可以验证，有的也许要若干年之后才可以验证。需要事实来证实。
经验，简单的说就是在重复中得到的一些很吃香的技巧或者被认为很睿智的认识。
中医缺少了从经验到科学这一个环节，而是直接跟哲学挂钩。这是很难让习惯科学的人接受的。而且从中医发展看，很多中医同时也是熟读经史之人，把经验直接跟哲学联系也是可以找到历史背景的。
中医缺少了东西就说中医是伪科学，科学这个东西，也许在中医的很多方面就从来没有。把虚无的东西说成虚伪的东西，这是犯了错误的。
如果那一天中医牛气起来了，可以说现代的很多医学根本就不是哲学。
晕，这样的纷争没完没了。而且这种纷争只存在一些中下水平的医生中。对于看透了经验、科学、哲学的医生来说。就是孔子所说的境界了：耳顺，不逾规。