金（1115—1234年）皇统八年（1148年）改浚州为通州，州城仍在浮丘山巅。天德三年（1151年）又改通州为浚州。明昌五年（1194年）八月黄河大决，河道南徙数十里。自此，黄河在浚州境内断流。元（1206—1368年）元初浚州改属中书省真定路，至元二年（1265年）改属大名路。至正十七年（1357年）红巾军攻破浚州城，杀知州王士元及其子致微，捣毁府衙，火烧清白堂，焚大伾山大佛阁。至正年间（1341—1368年）东张庄村民恨官府谒祭子贡墓之扰，夜平子贡墓，砸其碑，移子贡石像于大伾山脚下墓冢处。之后，地方官误祭假冢达二百余年。明（1368—1644年）洪武三年（1370年）浚州人口不满五千，改浚州为浚县，编户50里，属北直隶省大名府。洪武八年（1375年）首次迁太原、平阳、洪洞、蒲、绛等地民众来浚。之后，洪武二十一年、二十五年和永乐三年（1405年）又三次向浚县迁民。弘治十二年（1499年）王阳明于大伾山讲学。所作《游大伾山赋》和《登大伾山诗》镌刻于大伾山巅。王讲学处后人称“阳明书院”（又名东山书院）。嘉靖三年（1524年）从南京天宁寺移南藏经6053卷于大伾山寺。后因此改大伾山寺为天宁寺。清（1644—1911年）顺治初（1646年前后）行绿营兵制，于浚县设汛，置把总1员、马兵10名、弓箭守兵14名、鸟枪守兵16名、字识1名。雍正三年（1725年）七月河南巡抚田文镜奏请以河南省磁州换直隶省内黄、浚县、滑县以利漕运事获准，浚县改属河南省卫辉府。中华民国（1912—1949年）民国二年（1913年）三月废府设道，浚县属河南省河北道。民国二十七年（1938年）二月黎明日军拥入县城，大肆烧杀淫掠。从早至晚，杀害男女老幼4500余口，焚烧房屋1000余间，毁坏抢掠各种财物无计。