书中在叙及南明史事时,仍尊奉明朝年号,还直写努尔哈赤的名字,写明将李成梁杀死努尔哈赤的父祖,斥骂降清的尚可喜、耿仲明为“尚贼”、“耿贼”,写清军入关用了“夷寇”等等。这部《明史辑略》刊刻后,起初并无事,只因几年后几个无耻小人,想去敲诈庄家,才惹出事来。落职知县吴知荣在敲诈未遂后举报京城,鳌拜等人对此大感兴趣,颁旨严究。从顺治十八年查至康熙二年,历时二年。康熙二年(1663年)五月二十六日,在山清水秀的杭州城,清军将《明史》案一干“人犯”七十余人(为《明史》写序的、校对的,甚至卖书的、买书的、刻字印刷的以及当地官吏),在弼教坊同时或凌迟、或杖毙、或绞死,一时血溅人间天堂。