基督徒会说那是猜猜猜

猜的

@徐星

说得儿戏点的话，基本就是一群人拿着放大镜看化石
反正所有动物共祖，然后大家根据发现物的形态，地理位置，年代等和其他的发现物比较
最后脑补出一个亲缘关系，大家一起讨论，完了

长的像

远古化石的蛋白质分子具有很大争议 有专家指出，这项研究尚待分晓——是否从远古化石中提取的微小蛋白质序列就一定具有规律性。北卡罗来纳州立大学玛丽·施韦策是这项研究的合著作者之一，他曾负责研究中所用霸王龙蛋白质样本的最初发现工作。她指出，类似这具保存非常完好的霸王龙化石可能证实恐龙与鸟类的相关共同性。 其他科学家称，蛋白质保存上亿年是不可能的。许多科学家目前仍继续置疑阿萨拉和施韦策是否真实来自于一具远古霸王龙化石。持怀疑观点人士指出，一些恐龙尸体在上亿年保存期间很可能遭受了污染。 阿萨拉称，这项最新发现的恐龙蛋白质非常类似于鸟类，有助于排除其他受污染的哺乳动物的可能性。但是置疑仍然存在，密歇根州立大学生物学家佩吉·奥斯特姆是一位化石蛋白质研究专家，她说，“目前这项霸王龙蛋白质研究仍有许多疑点，其原因是蛋白质序列的尺寸非常小。胶原质分子的大小与所携带的信息密切关系。此外，包括乳齿象在内的近年多项发现都有近50万年历史，这很难保存蛋白质分子 。

基本靠形态，化学还不太可靠

所以是以现生生物建立亲缘树。弄化石不靠谱。

比较解剖学，分子古生物学之类的

特征矩阵

旧帖搬运如下：
看来楼主对生物结构之间的相似性~关联性还有不解。我就再举个简单的例子，希望你能够理解。
这也是反对进化论的基民最喜欢用的简单算术算概率， 我来个以彼之矛
假设，老鼠和人在结构上的相似性完全是巧合。
那么老鼠和人在动脉血管上的三层细胞结构相同， 也完全是巧合。
我们大人有大量，假定哺乳动物动脉血管三层结构是“普世原则”， 再给一个很宽松的概率：
一层细胞因为“巧合”具备完全相同的“设计”的概率为
一半一半（要么相同， 要么不相同）; 50%; 1/2; 0.5;
三层细胞完全相同的概率为
（0.5）^3 = 1/8
我们再用同样的算法来看肝结构的相似性。 肝的最小单元是由两种细胞构成的特殊结构，话说目前人工体外培育肝细胞还是个世界难题
两种细胞构成的结构完全相同的概率为
（0.5）^2=1/4
再看味蕾采用的受体。五位（酸甜苦咸鲜）对应五种蛋白
采用五种相同蛋白作为受体的概率为
（0.5）^5=1/32
这三个结构上的相似性（彼此没有联系）， 纯随机诞生的概率为
（0.5）^10=1/1024
在现在的动物实验中， 除了老鼠（小鼠，大鼠，豚鼠），还有羊，猪，兔子， 猫，和猴...
单单这六种（泛泛而谈的种，非明确的生物学上的种）生物和人具有相同结构，但是纯粹随机的概率为
（0.5）^60=1/1.1529215e+18=8.6736174e-19
目前地球上现存的物种数量约为8,700,000。 所以， 这样的相同结构，不可能是巧合。
我只讨论了三种结构上的相似性。 在哺乳动物的八大系统里头还能找出多少相似性？
巧合的概率，用这么简单的数学模型分析， 都是
零， zero， zefiro, صفر
所以， 共同祖先是最靠谱的解释。 你的反对和质疑在逻辑，在理性上都没有任何意义。
PS: 地球的基本元素从哪里来，是天文学负责解答的。 这不由得让我想起康德的名言，因为我们真的可以通过仰望星空，获得世界的真实法则（星系，行星，乃至万物的构成来源）。
楼主也可以说， OK, 这样的相似性多半不是巧合，而是来自于共同的设计者/创造者
那问题就来了， 这样的神通，为啥没有被人类观察感知到？
大名鼎鼎的“尼龙菌”， 你可以查一下本吧的精华帖，　或者　@尼龙菌
除了尼龙菌， 作为学医的， 你应该知道常见的病毒和细菌产生变体，乃至新种的频率有多高
所谓的创造者， 不遗余力地一次一次光顾自然界，或者一次一次地跑到每个科研工作者的培养皿里头捣蛋， 而且神不知鬼不觉的。 这是什么精神？ 这是什么能力？
抑或， 并不存在这样的创造者， 生物体本身就具备演化的属性？