蜥蜴，即可作为一个单独的目——蜥蜴目LACERTIFORMES ，也可作为爬行纲有鳞目Squamata的一个亚目——蜥蜴亚目Sauria来对待，和蛇亚目Serpentes并列，这是分类系统的不同，我比较习惯用蜥蜴目。目下共有4个亚目。
依照不同的分类系统，蜥蜴分科具体数量有所不同，我喜欢用18科的系统。18科如下：
Agamidae 鬣蜥科（飞蜥科【台】）
Iguanidae 美洲鬣蜥科（鬣蜥科【台】）
Chamaeleonidae 避役科（变色龙科）
Gekkonidae 壁虎科（守宫科【台】）
Pygopodidae 鳞脚蜥科（尾肢蜥科）
Cordylidae 非洲蜥蜴科（环尾蜥科、铠鳞蜥科）
Scincidae 石龙子科
Lacertidae 蜥蜴科 （正蜥科）
Teiidae 美洲蜥蜴科
Xantusiidae 黄蜥科（夜蜥科、疣蜥科）
Dibamidae 双足蜥科
Anguidae 蛇蜥科
Anniellidae 蠕蜥科（北美蛇蜥科）
Helodermatidae 毒蜥科
Xenosauridae 异蜥科
Shinisauridae 鳄蜥科
Lanthanotidae 拟毒蜥科（婆罗蜥科）
Varanidae 巨蜥科
此外楔齿蜥（喙头蜥）不属于蜥蜴，虽然其外形近似蜥蜴，但是骨骼结构和蜥蜴相差很多。单列为喙头目。蚓蜥类亦不属于蜥蜴，在有鳞目的系统内地位和蜥蜴亚目同等，为蚓蜥亚目。也可作蚓蜥目与蜥蜴目并列于爬行纲中。在此同样作介绍。
另外说一下，学名是拉丁文不是中文，这点不要搞混了。正式的中文名字称为中文正名，不过市场上交流很多蜥蜴的名字，尤其是外国种，很多都不是正式的中文名字，多是英语直译或者自行臆想，故此贴里给出的名字基本都是正式的中文名，至于市场俗称也会提及。因为是写分类，所以还是用从分类角度取的正式中文名好，老实说有些市场的俗称挺没有节操的。