请教一下日本大学的修士考试难度和科目

考试难度取决于你的学业水平，只能这两个来对比，不要管对于别人如何，也不要管通过率，那个和你无关。
想要知道难度，可行的办法是索取历年试题，看完你就知道了。
数理化无力与否，和考大学院有关系吗？除非你要申请的大学院研究科入学考试有数学。
最后一个问题同样无法回答你，只能根据你自己的情况分析。2年（如果还有第2年需要申请的）不够用就得回来或者变更在留资格。尽可能的够用吧。