在新宿街头的其中一条后巷，由老板独自经营的小食堂，营业时间由深夜0时到早上的7时左右，在门帘上仅仅写着“めしや”（饭屋：日本提供简单饭菜的吃店的平假名），被常客称呼为“深夜食堂”。虽然菜单只有豚汁套餐、啤酒（大）、日本酒（两合<合：为日本的容量单位，一合约等于180毫升>)、烧酒（一杯），但老板表示只要自己可以制作的食物都可以叫。故事就以只在深夜营业的这间食堂为舞台，描述主人与客人间的心灵交流。