黄帝纪元基于黄帝年代，黄帝被认为是中国人的祖先。黄帝纪元是中国清朝末期变法派和革命派都曾使用的纪元。依据中华民国建国时官方认定的黄帝纪元，清末辛亥年（孔子纪元2462年，西元1911年）为黄帝纪元4609年，民国元年为黄帝纪元4610年。黄帝纪元比孔子纪元早2147年，比西元早2698年。
清光绪29年（西元1903年），刘师培在《国民日日报》发表“黄帝纪年论”，反对年号制，同时也反对康有为等变法派主张的孔子纪年。刘师培主张把黄帝诞生的那一年作为纪元元年，光绪29年是黄帝纪元4614年。可是，黄帝的生卒年月在文献上没有明确的记载，宋教仁主张把被认为是黄帝即位的癸亥年作为纪元元年，把西元1904年作为黄帝纪元4602年，这成为主流的黄帝纪元。以中国同盟会的机关报《民报》为首革命派的杂志采用了黄帝纪元。
武昌起义后，湖北军政府采用黄帝纪元，各省政府也跟着使用。不过，在建立共和政府的讨论中，黄帝纪元被认为是基于帝王的纪年法，这与民主共和的精神不相称。[来源请求]孙文就任中华民国临时大总统后，宣布将黄帝纪元4609年11月13日（1912年1月1日）作为中华民国元年元旦，之后黄帝纪元停止使用。