水师营满族镇隶属齐齐哈尔市昂昂溪区管辖。位于齐齐哈尔市境南部，东南与杜尔伯特蒙古族自治县毗邻。镇政府驻地距市区9公里。
水师营满族镇之水师营之名清朝而定，水师营是清代的军事建制。水师，即水军、水兵。营，便是军营。
齐齐哈尔水师营的建立，肇始于清政府抗击沙俄侵占雅克萨城(今黑龙江省呼玛县黑龙江与额木尔河交会口东岸，俄罗斯阿尔巴津诺)的战役之时。十七世纪中叶，沙俄殖民军侵入中国黑龙江流域，他们以尼布楚(今俄罗斯涅尔琴斯克)、雅克萨为据点，四出骚扰。康熙二十三年(1684)，清廷命都统彭春、副都统郎谈、黑龙江将军萨布素率军进围雅克萨，予以收复。其间，因八旗步兵、马队在黑龙江江面难以展施威力，乃奏调南方水师，采取水、陆联合作战方略，清廷即派銮仪卫銮仪使林兴珠率领由他教练的500藤牌兵（台湾人），又令厦门水师提督陈汶环率领所部由海上经辽河转陆上至宁古塔(今辽宁宁安)，再从吉林乌拉(今吉林)征调自耕户和流人充当水手，又调拨战船百只，组成黑龙江水师，在黑龙江城和齐齐哈尔建立水师营。这支队伍，除在水上作战外，还负担往雅克萨前线运送粮食、军械和兵员的任务。
雅克萨之战胜利结束后，陈汶环被授为黑龙江水师营总管，驻黑龙江城。后随黑龙江将军迁驻墨尔根，再迁至齐齐哈尔。水师营是以福建水师为骨干的汉人部队，当年就有家属从南方随军前来。驻扎在水师营镇区域，并开始屯垦，形成附近各屯。水师营因为得名。
清康熙年间，水师营一带已有小阿勒街屯、大巴尔虎屯、小巴尔虎屯等，隶属齐齐哈尔副都统管辖。清末，先后隶属黑水厅和龙江府管辖。中华民国时期，隶属龙江县管辖。东北沦陷后期，水师营一带，分隶大民村和小阿拉街村。1945年“九三”抗日战争胜利后，1946年6月，划归龙东县管辖。1948年3月撤销龙东县，复归龙江县，隶属第十一区管辖。1951年7月，划归齐齐哈尔市，隶属农村区管辖，1954年10月改隶榆树屯区。1956年5月，并村划乡，设置水师营乡。1958年12月，改称和平人民公社水师管理区。1961年8月，并人大民农业分社。1962年从大民农业分社划出设置水师营农业分社，1965年改为水师营公社，隶属郊区管辖。1973年划归昂昂溪区管辖。1984年1月，改为水师营乡。1990年9月，改设水师营满族镇。
1993年被国家林业部列为全国22个治沙试验示范基地之一。
1994年被国家计委列为百个农村小城镇建设试点单位。
1997年撤乡建满族镇。
2000年被国家体改委列为国家级小城镇综合改革试点镇。
2005年被评为省级文明镇。
2010年被评为省级生态镇。
