作物遗传育种学科为北京农学院重点学科。学科现有教授8名，副教授6名。近几年，承担国家级和省部级课题30项，获省部级科学技术奖5项，育成品种8个。 本学科有3个研究方向：作物种质资源创新与利用，作物抗逆育种与品质改良和作物分子遗传与育种。主要从事作物抗逆和品质改良分子遗传学、作物基因的分子标记、基因定位、基因克隆、基因功能分析、分子标记辅助选择育种、食用豆类分子遗传和比较基因组研究、小豆种质资源创新与利用、小豆遗传育种、大豆种质资源创新与利用、玉米群体改良、玉米遗传育种、小麦种质资源研究、小麦遗传育种等研究。 本学科设有作物遗传育种研究所，下设小豆研究室、大豆研究室、玉米研究室和小麦研究室。建有种质库和综合实验室1970㎡，仪器设备994万元。校内试验基地8h㎡，校外基地10个。
