《生化危机4》故事开始
2004年 研究员路易斯·赛纳发现了教主的野心并且意识到自己的力量不足，于是向曾经的同学约翰求救。收到求救信息的却是艾达。克劳撒为了取得萨德勒的信任而绑架了美国总统的女儿阿什莉·格雷厄姆
2004年5月29日 里昂在欧洲一个偏僻村落找到了阿什莉。同时里昂重遇艾达，两人却形同陌路。
随后遇到了两年前在事故中丧生的杰克·克劳撒，并与之一战，最终打倒了克劳撒。
最后里昂与艾达协力击倒了教主萨德勒，艾达回收了寄生虫样本后启动了自爆装置，里昂与阿什莉乘坐救生艇逃脱，孤岛沉入海中。
路易斯为了帮助里昂被萨德勒杀死。
艾达把寄生虫样本交给了阿尔伯特·威斯克。此时威斯克已经成为三联公司的首席。
此后数年，三联公司继Umbrella继续开发T病毒和G病毒，并将Las Plagas用病毒该良，使其拥有更高的攻击能力，可以在青年人身上寄体，使寄主失去理智，但拥有更高的智能和攻击意识。

2004年某日（官方未给详细日期，这段是启示录的起因）
地中海发生的一场震惊世界的事件--特拉格里加事件，其严重程度不亚于之前的浣熊市事件，特拉格里加是一座历时11年建造的人工海上都市，运用了最先进的科技，通过卫星聚集太阳能，传递给地面后转化为电能供应整个城市
反对此开发的组织“猎犬”对这座城市发起了恐 怖 袭 击，不仅散播病毒，还投下生化武器，之后特拉格里加受到隔离。
FBC（联合国对生化恐怖事件委员会）开始对此次事件展开行动，另一方面，BSAA负责协助FBC。隶属FBC的帕克和杰西卡奉命前往当地进行救援行动。在众人努力下，FBC虽然救出很多人，但也付出了惨痛代价。
FBC新人雷蒙德身负重伤，在指挥部最后的防线也被突破后，FBC长官摩根下令全体撤退，众人准备撤离之时，奥布莱恩出现，表达了对摩根的不满，不满的不是放弃救援，而是用卫星聚集的太阳能摧毁城市，因为这样会把证据也一并摧毁，更会激化与猎犬相似组 织的出现，使遇害者们白白送命。
为了避免损害进一步扩大，指挥部高层仍然决定用卫星聚集太阳能，摧毁这座城市，使危害降到最低，在强光的照射下，特拉格里加化为了乌有。
乘坐直升机撤离的帕克和杰西卡亲眼目睹了城市被摧毁的一幕。
FBC长官随后发表声明，猎犬已被彻底摧毁，事态就此告一段落。
2005年1月 在美国政府的授意下，一家名为WIL的制药公司成立。该公司的主要目的是研发生化病毒的相关疫苗。这家公司很快引起了NGO的注意。
2005年3月 不少新闻报道指责WIL公司利用活人进行生化病毒的实验。

《生化危机·恶化》故事开始
2005年4月10日 克莱尔在美国洛杉矶的机场遭遇了生化病毒泄露事件，白宫派出里昂前往处理。里昂与克莱尔发现这起病毒泄露事件是NGO公司刻意而为，目的则是向全世界展示病毒疫苗的实用性，但却被一名浣熊事件的受害者柯蒂斯·单威格破坏，连同WIL公司的研发基地也被感染了G病毒的柯蒂斯摧毁。
2005年6月 三联制药收购了WIL公司。
2005年8月 三联对于安部雷拉的非洲研究所进行了重新评估，三联高层艾克塞拉·吉奥奈决定在当地重新启用研究所，暗地里则与威斯克一起利用研究所进行病毒实验。

《生化危机：启示录故事开始》
2005年某日 此时隶属BSAA的吉尔和帕克奉命来到地中海沿岸、特拉格里加被隔离的区域，数周后这里出现了大量的漂流物，很可能是病毒感染所致。
吉尔、帕克、克里斯和杰西卡等人的行动似乎陷入了猎犬组织一个又一个的圈套当中。
最终他们发现了一种T-深渊病毒，根据遗留的文件，这种病毒是The Abyss病毒和T病毒的合成物，拥有极强的水溶性和感染性
而特格里加惨剧完全是摩根策划的，他的真正目的是令世界对生化恐怖的威胁产生恐惧，进而令FBC受到国际的认可和重视，获得更大的权利。
后来，拥有极强正义感的雷蒙德与BSAA展开合作，他与奥布莱恩共同策划了猎犬复活的好戏，为的是让摩根露出尾巴。然而奥布莱恩又不能与克里斯和吉尔说明，因为他知道组 织内有摩根的眼线（后来证明是杰西卡）。虽然最终作战成功，但摩根也销毁了双子船上的证据。
但BSAA成员昆特传来的资料，成为了逆转的王牌。当年猎犬用于运送病毒的运输船并非只有两只，第三只轮船女王 戴朵号正静静沉在特拉格里加的海底深处
然而摩根主动出击，率领FBC部队控制了BSAA的总部，并将奥布莱恩以涉嫌与猎犬组 织勾结的名义逮捕，最后的希望寄于克里斯和吉尔身上了。
两人潜入了沉睡于海底一年的戴朵号，当年猎犬组 织头目诺曼在与摩根合作时并不信任他，偷偷录像作为底牌以防万一，不料特拉格里加事件后成了弃石，戴朵号也沉入海底，逃生无望的诺曼含着怨恨对自己注射了病毒。
两人最终击败了变异的诺曼，吉尔和克里斯第一时间将找到的录像公布于众，尘封一年的特拉格里加事件真相大白，摩根被解除FBC最高长官职位并绳之以法，FBC解散，大部分人员并入BSAA，BSAA也成为联合国直属机构。
而在某咖啡屋的一角，雷蒙德却和杰西卡望着桌上猩红的T-深渊病毒，嘴角露出一丝神秘的微笑。

2009年,被监管了11年的雪莉·博肯被给予了自由。
2010年，陆军特种部队狙击手皮尔斯·奈文斯被克里斯看中，邀请他加入BSAA。
2011年，美国总统亚当·本福德，同时也是里昂多年的好友，成立外勤行动支援部（FOS），它一开始的职责是为美国的多个情报机构在世界各地的行动提供支援，后来提升到监督所有应付和预防生化恐怖主义的行动。英格尼·汉尼根被任命为行动协调员，里昂·S·肯尼迪成为其首席外勤特工。

《生化危机：诅咒》故事开始
2011年初， 东斯拉夫共和国的内战仍在持续，有报告称使用了生化武器，里昂前去调查，但接头人已经死亡。
里昂误打误撞接触到了游击队首领，但也没能阻止反对派使用生化武器，他发现plaga寄生体已经被研究出了母体，人类可以自行感染母体控制其它生化武器，但不久后也会变成丧尸。
艾达·王也来到这个国家，并以BSAA安全顾问的身份接触到了总统，她的目的是得到新的plaga寄生体。她假装被识破后不低总统，成功潜入养殖室
而里昂在阻止游击队首领巴蒂的途中不幸卷入内战，同时发现总统也是个道貌岸然的人，并遭到其制造的暴君攻击
艾达在完成任务后再度帮助里昂脱险，里昂和巴蒂拼死杀死一只暴君，终于等来了美国和俄罗斯的援助
东斯拉夫的内战在两国干预下告一段落。里昂为了不让巴蒂变成丧尸打断了他的脊柱，巴蒂开始了新的生活。
艾达则将得到的plaga高价卖给一个德里克 西蒙斯