第一集 逝者如川
剧集的开始，是天明和月儿分别简要叙述前几部的遭遇。秦始皇开始修长城。由公输家族和阴阳师合作的巨艇“蜃楼”也已经完成，宰相李斯，将军蒙恬，阴阳师月神、星魂以及云中君已经齐聚桑海，准备登船事宜。 天明和少羽在海边目睹五百仙童仙女登上蜃楼。天明提及石兰看到海上仙山时哭泣，少羽一时出神，被天明揶揄。此时机关朱雀为墨家送来张良传递的情报：见龙在田。盗跖和大铁锤根据情报果然截获了由伪装成客商的秦国骑兵所护送的帝国最高级别机密——黑龙卷轴。卷轴被劫，李斯怀疑帝国内部有奸细。

第二集 天罗地网
黑龙卷轴被劫，李斯向扶苏进言启用帝国的庞大暗杀组织——天罗地网（简称“罗网”），将桑海里潜藏的叛逆份子揪出来。扶苏同意。张良和卫庄比试剑术，打了个平手。两人一起谈论时势，追忆过去，气氛和谐。原来两人是旧识。罗网的暗探监视张、卫二人会面，幸被白凤解决。卫庄一行过木桥的时候与罗网组织的其中一名重要杀手——背负巨剑“巨阙”的亡命囚犯胜七擦肩而过。赤炼预感到胜七将来会对流沙不利， 建议除掉他。卫庄不置可否。又有一名刺客加入罗网组织。罗网的统领赵高登场。月神、云中君和月儿围绕魔音宝盒而坐。月儿现在的新身份是继承阴阳师皇族千年尊贵血统的公主——姬如千泷。暗含统治天下神秘力量的铜盒“苍龙七宿”如今在阴阳师的手上。月儿在镜子里看到自己的影像变成了月神的模样，大惊。

第三集 碧血玉叶
马术课上，少羽跑了第一，天明不但倒数第一，而且倒趴骑在马上大出洋相, 再次被其他儒家弟子取笑。少羽看到石兰提着食盒外出，偷偷在后面跟踪，发现她给神秘人送饭。他没看清神秘人的身份，却无意中在崖顶发现了一个熟悉的身影。 荀子找来天明，告知他发现了古药方，可能对端木蓉的病情有益。赵高派人向胜七传达暗杀令。荀子带上药中圣品碧血玉叶和天明一起前往墨家落脚点为端木蓉诊病。墨家众人欣喜。但荀子却指出端木蓉出身医药世家，身上有强抗药性，必须用古方加剧毒“雪蒿生狼毒”以减弱她的抗药能力，才能令碧血玉叶生效。墨家众人发现蒙恬搜刮当地所有药材送上蜃楼，大为不解。荀子叮嘱墨家众人，碧血玉叶必须在水中培养四十九天，接受阳光雨露，中间不可间断，否则无法用药。

第四集 暗潮汹涌
盗跖和大铁锤将黑龙卷轴取回，盖聂指出，卷轴有公输家族设计的密码锁保护，如果强行打开，里面的强酸腐液会自行销毁卷宗。班大师决定破解密码。大司命易容成一名白发老妪抓走了一名墨家弟子阿忠。 卫庄在夕阳下独坐，随着胜七的靠近，他感觉到一股凌厉的杀气。张良走在街上，与六剑奴簇拥着的赵高擦肩而过。回头一看，发现有人在监视他。墨家众人从秘密据点回到桑海的住处，发现地上有5具尸体，唯独阿忠失踪，大家怀疑阿忠被大司命抓走了。赵高带领六剑奴向李斯报到。李斯命令赵高的罗网组织要赶在黑龙卷宗被破解前找出桑海的叛逆份子。胜七和卫庄在木桥上遭遇，胜七向卫庄打听盖聂的下落，无果，便欲与卫庄比试。两人在木桥上进行了一次惊心动魄的比试，卫庄由于受过两次内伤，不敌胜七的“巨阙”。星魂运用幻术审讯阿忠。班大师用自己设计的齿轮装置开始研究黑龙卷轴的密码锁。

第五集 密锁心结
班大师发现黑龙卷轴的密码锁竟然是蕴含十万种奇巧变化的六道轮甲子锁，不禁头疼。天明进入班大师的房间，看到桌子上的传信朱雀，打算将朱雀拿到儒家众弟子前炫耀，出出风头。此时班大师自言自语的声音传来，天明情急之下躲进房间的箱子，终被班大

师发现，并搜出朱雀。李斯向赵高打听苍龙七宿的事情，无果。少羽主动和石兰搭讪，提出想和她一起调查蜃楼，或交流情报。石兰不理。赤炼和白凤来到木桥上，发现木桥被斩断。中了星魂幻术的阿忠画出墨家众人的画像。天明在班大师那里碰了钉子，独自一人到林子里发泄，却听到一声野兽的吼声。原来是流沙的无双。赤炼发动流沙的成员们寻找失踪的卫庄，无果。天明在躲避无双的追杀中，与他一起堕进林中的一个大深坑。

第六集 笨大野熊
隐蝠怀疑卫庄已死，拒绝再搜寻他的踪迹。赤炼胁迫众人继续搜寻。天明在坠落深坑前，所幸非攻的铁爪抓住了岩石，他得以回到地面。天明举起一块大石，欲对无双落井下石，为墨家弟子复仇，却意外的起了怜悯之心，不忍下手，反而在无双面前吐露了自己的烦恼心声，对无双同病相怜起来。少羽再次跟踪石兰， 欲一探石兰送饭的那位神秘人，不料被石兰发现。天明再次潜入班大师的房中，无意发现了室内的暗道，进入密室，惊讶于密室里的各种精巧奇异的机关物件，最后触发了桌子上的黑龙卷轴的机关。浓酸随着爆炸喷出。班大师急忙保护天明。

第七集 恶夜暗战
卫庄在梦里回忆起与赤炼过去的零碎片段，在溪边醒来时，遇见身披黑斗篷的神秘人。星魂用幻术操纵阿忠指路，蒙恬带领黄金火骑兵紧随其后，直奔墨家的城外秘密据点。墨家众人得到情报，急忙商量对策。少羽和石兰被隐蝠发现，成为其吸血的猎物。石兰和少羽共同迎战。神秘黑衣人似乎很了解卫庄的情况，声称能为他提供有价值的情报。石兰和少羽不敌隐蝠，危急关头，神秘的黑色豹型庞然大物出现解救了二人。盖聂在浓雾中出现，截住了蒙恬的部队。

第八集 星海之心
豹型庞然大物驼着石兰和少羽飞跃过深涧，帮助他们摆脱了隐蝠的致命追击。原来石兰送饭的神秘人就是它——石兰的坐骑“小黑”。蒙恬正欲下军令抓住盖聂，话还没说完，却在一转眼间被盖聂的木剑架在脖子上。盖聂欲胁迫蒙恬退兵，此时星魂现身，击退盖聂。盖聂撤离。大军继续前进，却发现阿忠已经被人劫走。失去了指路人，大军被迫停止前进。原来这是盖聂的计划，他的出手只为吸引蒙恬和星魂的注意，好让盗跖趁机救回阿忠。少羽和石兰在山顶俯视万家灯火谈心。二人的心开始贴近。

第九集 黑龙卷宗
盗跖顺利救回阿忠。墨家众人预计李斯和扶苏会扩大搜索范围。众人围着已经毁掉的青龙卷轴。天明极为愧疚，其他人却不急，原来班大师早已破解了密码，提前将卷宗取出。众人打开卷宗，却发现上面的文字排列无序，难以了解其中的奥秘。蒙恬加强了桑海城的戒备。扶苏担心黑龙卷宗被墨家众人破解。 盖聂提议把卷宗交给张良破解。鉴于天明有儒家弟子的身份作掩护，行动相对方便，班大师让天明把卷宗交给张良。张良连夜给庖丁送情报，由于夜晚戒严，只得在客栈过了一夜。出门的时候遇见了公孙玲珑。公孙玲珑似乎察觉出张良的行踪异常，幸亏天明及时出现搅局。张良松了口气。天明得意地将装有卷宗的竹筒交给张良，张良却发现竹筒是空的，天明大惊。

第十集 木头锯子
张良让天明仔细回忆护送卷轴的过程。天明才想起在竹林削竹筒的时候把卷宗落下了。他急忙赶到竹林，没有找回卷轴，却意外发现儒家弟子们正在用石头砸深坑里的怪物无双。天明为了救无双和大家争执， 被众人失手推入深坑。天明在坠入深坑前意外发现卷宗竟然在子慕怀里。子慕教大家撒谎隐瞒天明堕坑真相。天明在无双的帮助下回到地面。伏念正在责备儒家众弟子的时候，天明出现，谎言不攻而破，众人被罚抄书，子慕更是受到重罚。夜深，众人抄书疲劳入睡，天明着夜行服利用绳子从房顶潜入，不料绳子却突然断裂……天将明，庖丁等得焦急不已，张良却笃定地相信天明一定能完成任务归来。

第十一集 苍龙七宿
天明历经波折，不但成功将把卷宗取回， 更在子慕脸上用毛笔乱画一通。天明成功将卷宗送到张良手上，庖丁高兴地以烧鸡犒劳他，还要再教他一招武功。 赤炼在梦中回忆起与卫庄过往的零碎片段，梦醒落泪。白凤说破赤炼心事，赤炼不悦。张良回到住处的路上，发现几名黑衣人。 原来是李斯派人请他喝茶赏海景。李斯故意向张良打听韩非的事情，并说韩非死于疾病，但却被张良挑破韩非死于秦国监狱的事实。李斯借机向张良打听可否从韩非那里听过苍龙七宿的事情，张良几句话简单带过。李斯又再提起卫庄。张良察觉李斯开始怀疑上他了。

第十二集 我要学习
送走了李斯，张良陷入沉思。天明找到班大师，主动要求学习机关术，并希望班大师三天内教会他。张良和颜路聊天，谈到韩非的死，根据颜路对传言中韩非死前症状的描述，张良指出韩非是中了阴阳家的六魂恐咒而死，并猜出苍龙七宿的秘密就在阴阳家的手里。月神命令月儿打开苍龙七宿的铜盒，并希望她能解开其中的秘密。云中君在门口窥视，月神回头，出门，却没有发现任何人的踪迹。面对班大师拿来的小山般的一堆竹简，天明垂头丧气。他正欲放弃，班大师却拿出墨家的尚同墨方（类似现代的魔方）， 说如果天明能把打乱的色块恢复如初，就会教他机关术。天明高兴地带墨方给无双看，信心十足地保证很快会学会机关术，帮无双修好身上的机关。

第十三集 尚同墨方
天明像着了魔一般地，连走路，上课罚站和睡觉时都在转动墨方。少羽大为不解。天明毫无头绪，挫败地撞树发泄，被石兰撞见。盗跖和大铁锤的打击让天明彻底失望，把墨方一扔，跑到林中深坑找无双诉苦。天明羡慕他所认识的人都有所长，而自己似乎一无是处。 此时盖聂出现，带来墨方鼓励天明不要放弃。天明受到鼓舞，更加努力地破解墨方的奥秘，连睡梦中双手都在比划着转动墨方。天明在梦中来到墨方的世界。天明偷偷拆掉机关朱雀，班大师暴走，天明适时拿出已经恢复色块的墨方。班大师不信，将墨方打乱让天明当场恢复色块，天明很快完成。班大师大惊，说天明是他生平唯一见过的能在短短三天内恢复墨方排列的天才，而他自己第一次解开墨方都花了整整一个月。天明这次的成功，也令庖丁、盗跖和大铁锤刮目相看。